A volt elnököt azzal vádolták, hogy hazaárulást követett el, amikor 2007-ben a rendkívüli állapotra hivatkozva felfüggesztette az ország alkotmányát, és bebörtönözte a legfelsőbb bíróság több tagját, akik nem fogadták el a döntését.

A három bíróból álló különbíróság Musarraf távollétében, kétharmados többséggel ítélte el őt.

Pervez Musarraf a hadsereg vezetőjeként 1999-ben vértelen puccsal döntötte meg az akkor kormányfőként szolgáló Navaz Sarif hatalmát. 2008-ban mondott le, miután az őt támogató párt gyengén szerepelt a parlamenti választásokon. Lemondásában a közjogi felelősségre vonás elkerülése is szerepet játszott.

Azóta többnyire külföldön tartózkodik. 2013-ban a miniszterelnöknek választott Sarif kezdeményezésére hazaárulás miatt büntetőeljárás indult ellene. A volt tábornok az év márciusában többéves önkéntes külföldi száműzetése után mégis visszatért Pakisztánba, hogy jelöltként induljon a parlamenti választásokon, nem sokkal hazaérkezése után azonban házi őrizetbe helyezték.

Legutóbb 2016-ban hagyta el Pakisztánt, hogy gyógykezelésen vegyen részt Dubajban. A hatóságok akkor szökevénynek nyilvánították, mert annak ellenére távozott az országból. A 76 éves politikus visszautasította az ellene felhozott vádakat és politikailag motiváltnak nevezte őket. Pervez Musarraf fellebbezhet az ítélet ellen.