Rég volt ilyen jó a Balaton állapota, a víz szintje január óta stabil, 98 és 108 centiméter közötti, vagyis a tó igencsak feltöltve várja az akár napi 1 centiméteres apadást is előidézni képes aszályt. A víz minősége sem kifogásolható: a Balaton keleti felében kiváló, a Keszthelyi- és a Szemesi-öbölben pedig jó, vagyis számottevő algásodás sehol nem fenyeget. A vízminőség-védelmi beavatkozások, mindenekelőtt a Zalába folyó szennyvizek megtisztítása és a tó körül keletkező szennyvíz elvezetése sajátos mellékhatással járt: a nitrátkoncentráció nagyon alacsony lett, ami az algák tápanyagául szolgáló foszforterhelés csökkenésével együtt limitálja szaporodásukat a forró napokon is - viszont a legkellemetlenebb kékalga a levegő nitrogénjét is képes hasznosítani, így elvileg túlsúlyra kerülhet. Az időjárás azonban eddig nem kedvezett a kékalgának sem.

A strandok vízminőségét a tó általános állapotán túl a helyi higiénés - illemhely-használati - viszonyok döntően befolyásolják. Az ÁNTSZ a strandok fürdésre való alkalmasságáról 2008-ra vonatkozó minősítést még nem tett közzé, de ez nem akadályozta meg Szabó Imre környezetvédelmi minisztert, hogy 29 strandot és öt vitorláskikötőt a víz és a strand tisztaságát jelző kék hullám zászlóval tüntessen ki. A legtöbb balatoni strand vízminősége az ÁNTSZ által nyilvánosságra hozott adatok szerint kiváló, Vonyarcvashegy és Szigliget közelében azonban több fürdőhely csak megfelelő minősítésű, s június közepén a keszthelyi Helikon strandon találták a legtöbb kóli- és enterococcus baktériumot.

Elszaporodtak a békák, és újra terjed a hínár, mindkettő a víz tisztaságának jelzője. Az 1991-es angolnapusztulás óta becslések szerint negyedére csökkent e betelepített, sok kárt okozó faj állománya, részben ennek köszönhető, hogy egyre több az őshonos fogassüllő. A fokozottan védett lápi pócot veszélyezteti, hogy táplálékkonkurense, az eddig csak a Tisza vízgyűjtőjén előforduló amurgéb váratlanul a Kis-Balatont tápláló mellékfolyón is megjelent.