Niederhauser Emil elsősorban a kelet-európai társadalmak múltjával, e térség nemzeteinek születésével, fejlődésével foglalkozott, nem egy területen megelőzve a legújabb nyugati nemzetteóriák szempontjait, téziseit. Az összehasonlító Kelet-Európa-kutatás hazai megalapozója volt, a térség minden mai és régi nyelvének ismerőjeként hatalmas tudásanyag birtokában; írásai számos országban láttak napvilágot. Szívesen foglalkozott parasztságtörténettel, a többnemzetiségű birodalmak sorsát alakító politikusokkal, így a Habsburgokkal vagy a Romanovokkal. Az egymással sokszor ütköző, tudatalakító kelet-európai történetírások történetéről úttörő jelentőségű nagy kritikai művet írt. Még megérhette e könyvének japán nyelvű kiadását - olvasható az akadémiai közleményben. Az MTA saját halottjának tekinti, temetéséről később intézkednek.

Niederhauser Emil 1923. november 16-án született Pozsonyban. Az ottani és a budapesti egyetemen tanult, tagja volt az Eötvös Kollégiumnak. 1949-től a Kelet-európai Tudományos Intézet, majd a Történettudományi Intézet kutatója, később osztályvezető, 1986-1990 között igazgatóhelyettes, végül kutatóprofesszor. 1951-től kelet-európai és egyetemes történelmet tanított a Debreceni Egyetemen, 1984-től az Eötvös Loránd Tudományegyetem bölcsészettudományi karának professzora volt, 1997-től emeritus professzor.

1957-ben szerezte meg a történelemtudományok kandidátusa, 1973-ban pedig a történelemtudományok doktora tudományos fokozatot. A Magyar Tudományos Akadémia 1987-ben levelező tagjává, 1992-ben pedig rendes tagjává választotta. 1963-ban és 1978-ban Akadémiai Díjban részesült, 1995-ben Pázmány Péter-díjjal tüntették ki, 2003-ban Széchenyi-díjat vehetett át, 2007-ben Lukács György-díjjal ismerték el tevékenységét.

Főbb művei: Bulgária története (1959), A jobbágyfelszabadítás Kelet-Európában (1962), Az orosz kultúra a XIX. században (társszerző, 1970), Forrongó félsziget (1972), A nemzeti megújulási mozgalmak Kelet-Európában (1977), A Habsburgok (társszerző (1977), The Rise of Nationality in Eastern Europe (1982), Az Erzsébet királyné elleni merénylet (1985), 1848: Sturm im Habsburgerreich (1990), A történetírás története Kelet-Európában (1995), Oroszország (társszerző, 1997), Mária Terézia (2000), Kelet-Európa története (2001), Nemzet és kisebbség (válogatott tanulmányok, 2001), A Romanovok (Szvák Gyulával, 2002), Magyarország és Európa (válogatott tanulmányok, 2003), A History of Eastern Europe since the Middle Ages (2003).