Az Országgyűlés honlapján közzétett módosító indítvány szerint a törvény 1.számú mellékletében szereplő egyházakat az Országgyűlés döntése alapján a miniszter venné nyilvántartásba. A tárcavezető a nyilvántartásba vételi kérelem Országgyűlés elé terjesztéséről, vagy a kérelem elutasításáról annak beérkezésétől számított hatvan napon belül köteles dönteni. 

Szintén a miniszter terjeszthetné az ügyész megkeresése alapján az Országgyűlés elé annak az egyháznak a megszüntetésére és törlésére vonatkozó javaslatot, amelynek tevékenysége az alaptörvénybe, jogszabályba ütközik, illetve ha a bejegyzést meg kellett volna tagadnia, vagy ha a tényleges tevékenysége alapján a nyilvántartásba vételre nem kerülhetett volna sor. Az Országgyűlés a miniszter javaslata alapján az egyházat törölheti a törvény 1 . számú mellékletét képező jegyzékről.

A módosító javaslat értelmében az azonos hitelveket valló, Magyarországon lakóhellyel rendelkező cselekvőképes természetes személyek hozhatnának létre vallásuk gyakorlása céljából egyházat, az állandó kategória kikerülne az eredeti indítványhoz képest. A kereszténydemokrata politikus rögzítené továbbá, hogy az egyház a vallási tevékenységhez kapcsolódó személyes adatokat belső szabályai szerint kezeli, az érintett hozzájárulása nélkül - egyházon kívül - nyilvánosságra nem hozhatja, valamint másnak át nem adhatja.

A szintén kereszténydemokrata Harrach Péter és Lukács Tamás módosító javaslatával elismert egyházak, vallásfelekezetek, vallási közösségek kategóriába kerülhet a Magyarországi Metodista Egyház.