A második nemzeti fejlesztési terv számottevő újítása a decentralizáció, vagyis az, hogy a hét úgynevezett statisztikai-tervezési régió önálló fejlesztési programokat készíthet, s erre - összesen - a teljes fejlesztési keret közel negyedét kapják meg. Az nft a következőképpen vázolja az egyes régiók fejlesztési céljait:

Dél-alföldi régió: a tudásipar, az agrárium és a hozzá kapcsolódó élelmiszerek, a gépipar, az üveg- és kerámiaipar, a vegyipar erősítésére épített gazdasági szerkezetváltás. A termál- és egészségturizmus kiemelt fejlesztése. Az EU délkeleti kapujában fekvő régió nemzetközi és logisztikai szerepköreinek kiépítése.

HVG

Dél-dunántúli régió: a "modellrégióvá" fejlesztendő térségben kiemelt ágazat lesz a környezeti ipar és az energetika, valamint a kulturális és az egészségipar. Fontos feladat a pécsi elővárosi közlekedési rendszer kiépítése.

Észak-alföldi régió: központi cél a piacvezérelt és innovációorientált agrárvertikum kialakítása, az agrárlogisztika fejlesztése. Hangsúly az üzleti infrastruktúrán, a logisztikán, a közlekedésen, az infokommunikációs infrastruktúrán, valamint az ökoturizmuson.

Észak-magyarországi régió: húzóiparágak: a mechatronika, a vegyipar, a környezetvédelmi ipar, a megújuló energiaforrásokra épülő energiaipar. Kiemelt a regionális tudásközpont és a vállalkozásokat segítő üzleti szolgáltatások fejlesztése, a regionális turisztikai hálózat kialakítása.

Közép-dunántúli régió: elengedhetetlen a turisztikai szektor szerkezetváltása, a turisztikai infrastruktúra korszerűsítése. Kiemelt a szocialista iparosítás gazdasági, szociális és környezeti örökségével küzdő, leszakadóban lévő vagy stagnáló, agrárhagyományú vagy aprófalvas térségek fejlesztése.

Nyugat-dunántúli régió: a térségi innovációs és technológiai központok hálózatának kiteljesítése, kutatás-fejlesztési kapacitások növelése. A termálvízkincs hasznosításához kapcsolódó egészségturisztikai, valamint kastély- és várhálózatra épülő turisztikai fejlesztések.

Közép-magyarországi régió: különösen "kreatív", nemzetközileg is vezető, a Kárpát-medence fő szervezőerejét jelentő térséggé válik. Kiemelt az innováció-fejlesztés, a közszolgáltatási szektor, a minőségi élethez szükséges települési tényezők fejlesztése.