A Szerb Radikális Párt nyolc éve őrizetben lévő, börtönéből is aktívan politizáló elnökét évek óta tartó hágai perében azzal vádolják, hogy felelős az 1991-1994 között Bosznia-Hercegovinában, Horvátországban és a Vajdaságban elkövetett súlyos háborús bűncselekményekért. A vád szerint gyilkosságokért, kínzásért, polgári személyek üldözéséért, embertelen bánásmódért, erőszakos kitelepítésért és vagyontárgyak (köztük egyházi épületek) elpusztításáért is felelős. A bűnöket félkatonai szervezetek követték el a kilencvenes években az említett térségekben, és Seseljnek nagy része volt e milíciák toborzásában: gyűlölettel átitatott, nacionalista (több esetben a vajdasági magyarokat is célba vevő) beszédei nagyban hozzájárultak az etnikai feszültségek felszításához.

Jean-Claude Antonetti bíró több órán át olvasott érvelése szerint indokoltak azok a vádak, amelyek szerint Seselj részt vett abban a nagyszabású műveletben, amelynek célja más etnikumok elüldözését volt.

A Nagy-Szerbia megteremtéséért is fellépett politikus 2002-ben a szerb elnökválasztáson is indult, és ott a harmadik legnépszerűbb jelöltnek bizonyult. Két évvel később viszont pártja nem tudott nyerni az általános választáson. Öt éve kezdődött perét tavalyelőtt felfüggesztették, mert annak több tanúját megfenyegették. Azt követően a tanúk meghallgatása a nyilvánosság kizárásával, zárt ajtók mögött folytatódott. 2009 nyarán Seseljt bűnösnek mondták ki és 15 hónap börtönre ítélték a törvényszék szabályainak megszegéséért, miután védett tanúk kilétét hozta nyilvánosságra. Ugyanilyen vádakkal azóta egy másik per is folyik ellene. Seselj önként adta fel magát 2003-ban. Bűnösségét soha nem ismerte el. 2006-ban éhségsztrájkot folytatott szabadon engedésének érdekében, táplálását orvosi beavatkozással kellett segíteni.

Az 56 éves Seseljt főperében életfogytiglani börtön fenyegeti.