A család ügyvédei a nyomozás hiányosságaira hivatkozva indítványozták, hogy az ügyet újra adják vissza az ügyészségnek. Egyben javasolták, hogy az ügyet vonják össze a feltételezett gyilkos, Rusztam Mahmudov és egy szintén bűnrészességgel gyanúsított személy ellen folyó eljárással. Az utóbbi indítványt az ügyészség támogatta. A tárgyalást elnapolták péntekre. A család ügyvédei a tárgyalás után újságíróknak elmondták, hogy szerintük az ügy továbbra sem tisztázott, a bíró asztalára egy lezáratlan nyomozás anyagai kerültek.

Dmitrij Muratov, a Novaja Gazeta című lap főszerkesztője szintén úgy vélte, hogy további nyomozás szükséges. Azt mondta, a bűnügy teljes feltárásához politikai akarat kell, és hozzátette, hogy a lap is folytatja a maga nyomozását. Politkovszkaja a csecsenföldi jogsértésekről a Novaja Gazetának írt cikkeivel szerzett nevet.

Az újságírónőt 2006. október 7-én lőtték le annak a moszkvai háznak a kapuja előtt, ahol lakott. A gyilkos lövést a feltételezések szerint Rusztam Mahmudov adta le, aki ellen - mivel jó ideje külföldön van - nemzetközi körözést adtak ki. Egyszer már bíróság elé állítottak több személyt, akiket bűnrészességgel gyanúsítanak, de nem volt köztük sem a gyilkos, sem a felbujtó.

A gyanúsítottakat az esküdtszék február 19-én felmentette azzal, hogy az ügyészség nem tudta kellően bizonyítani Ibrahim és Dzsabrail Mahmudov, illetve Szergej Hadzsikurbanov bűnösségét. A Legfelső Bíróság azonban júniusban az ügyészség fellebbezésének eleget téve megsemmisítette az esküdtek döntése nyomán hozott felmentő ítéletet, és újabb tárgyalást rendelt el. Ez kezdődött meg szerdán.