Az alpesi országban énektanárkodó bajor apától és svájci anyától 1879-ben Bern mellett született Paul Klee apja állampolgárságát és művészi hajlamait örökölte: íróként, zenészként és képzőművészként egyaránt tehetségesnek mutatkozott. 1906-ban festészeti tanulmányainak színhelyén, Münchenben telepedett le. Kapcsolatai Svájccal nem szakadtak meg, ám az első világháborúban a német hadseregben szolgált, majd a bajor tanácsköztársaság napjaiban a müncheni képzőművészeti tanács tagja lett.

Igazából akkor kezdik jegyezni a nevét, amikor 1920 őszén Walter Gropius Weimarba hívja, legyen ő is a Bauhaus oktatója. 1924-től rendszeresen kiállított Amerikában, majd 1925-től Franciaországban is. 1931-ben a düsseldorfi akadémián lett professzor, ám ezzel el is érte németországi pályafutása csúcsát. 1933-ban, a náci hatalomátvétel után előbb felfüggesztették professzori állásából, majd pár hónap múltán el is bocsátották. Lakásán házkutatást tartottak, a sajtóban pedig rendszeresen támadták, mint a művészet "kultúrbolsevik", illetve "galíciai zsidó" megcsúfolóját. Bár papírja volt árja származásáról, Klee nem sokat teketóriázott, visszaköltözött Bernbe. Mellesleg alkotásai távollétében is láthatóak voltak német és osztrák kiállítótermekben: elrettentő célzattal 17 alkotása szerepelt az Elfajzott művészet címmel 1937-ben Münchenben bemutatott, majd a hitleri művészetfelfogást 12 további helyen szolgáló tárlaton. E kiszerkesztés nyomán a nácik aztán a közgyűjtemények falairól 102 művét akasztották le - de nem dugták el őket, hanem zömüket jó érzékkel és jó áron külföldön értékesítették.

Svájcban azonban Klee már jóval kevésbé volt termékeny, amit az is magyaráz, hogy egészségi állapota 1935-től fokozatosan romlott. Folyamodott a svájci állampolgárságért, de azt a választ kapta, hogy az 1933-as német-svájci egyezmény értelmében azt csak olyan németek nyerhetik el, akik már öt éve megszakítás nélkül helvét földön élnek. Így aztán amikor 1940-ben - alig öt hónappal édesapja után - meghalt, még mindig német útlevele volt. Ámbár a svájci hatóságok azt állítják: már emelkedett a kéz, amely ráütötte volna az engedélyező pecsétet állampolgárságot kérő, megismételt beadványára.