Nem sokkal a Medgyessy-kormány felállása után gyorsan kiderült, milyen politikai nehézségek adódnak abból, hogy a pártállami titkosszolgálatok segítői továbbra is névtelenségben maradhattak: magáról a kormányfőről derült ki, hogy a Belügyminisztérium szigorúan titkos tisztje volt. Ez majdnem koalíciós válságot okozott, ám a szabaddemokraták a kormányban maradtak annak fejében, hogy a miniszterelnök megígérte a titkosszolgálati akták teljes kutathatóságát. Végül ez az ígéret nem vált valóra, 2002 végén az SZDSZ nem is szavazta meg a szocialisták által kilúgozott törvényjavaslatot. Közben két vizsgálóbizottság is alakult. A kormányzati oldal a Medgyessy érintettségét vizsgáló bizottság felállításának ellensúlyozására Mécs Imre vezetésével az 1990 utáni kormánytagok titkosszolgálati kötődéseit vizsgáló bizottságot alakított, ám végül egyik testület sem publikált eredményt. 2002 végén olyan törvényt sikerült azért elfogadni, amelynek nyomán a nemzetbiztonsági szolgálatok további iratokat adtak át az Állambiztonsági Szolgálatok Történeti Levéltárának - ahol jelenleg több mint 3600 iratfolyóméter dokumentum található -, ám az iratok egyharmadát még így is megtartották. Gyurcsány Ferenc nem sokkal azután, hogy kormányfő lett, 2004 decemberében szintén megígérte, hogy a lehető legteljesebb nyilvánosságot biztosító törvénytervezetet alkotják majd meg. Készült is több változat, amit közben egyre több "szamizdat" ügynöknévsor, mint például a 291 nevet tartalmazó, Németh Miklós által Antall Józsefnek állítólag átadott lista nyilvánosságra hozatala kísért. A mind nagyobb nyilvánosság iránti igényt azonban a törvényhozásnak nem sikerült kielégítenie, olyan törvénytervezetet gyártott, amelyet Mádl Ferenc államfő az Alkotmánybírósághoz továbbított, és az 2005 őszén alkotmányellenesnek találta. Azóta újabb ügynökügyek borzolják a kedélyeket, közülük a legnagyobb port Szabó István Oscar-díjas filmrendező lelepleződése kavarta.