Az NFÜ keddi közleménye szerint a független jogi és közbeszerzési szakértő jelentése alapján az NFÜ Közlekedési Operatív Programok Irányító Hatósága (KÖZOP IH) szabálytalansági eljárást kezdeményezett, ennek során a szabálytalansági bizottság 15 olyan szerződést vizsgált meg, amely esetében a szakértői jelentés megalapozott kockázati tényezőket állapított meg. Ezek közül az eljárás lezárásakor 11 szerződés esetében állapítottak meg különböző mértékű szabálytalanságokat - olvasható az NFÜ közleményében.

Az Európai Bizottság a 11 szerződést 100 százalékban szabálytalannak minősítette, a projekt keretében elszámolhatatlannak ítélte, így ezeknek a szerződéseknek az összegével csökkentette a 4-es metró első szakasza támogatási kérelmét (mégpedig 229,5 millió euró, azaz 57 milliárd forint összegben) 2009 szeptemberében. A Kormányzati Ellenőrzési Hivatal (KEHI) több vizsgálatot is lefolytatott a 4-es metró első szakaszának beruházása kapcsán.

A KEHI által 2009. év végén lefolytatott KÖZOP rendszerellenőrzésről szóló, 2007. január 1-jétől 2009. szeptember 15-ig terjedő időszakot vizsgáló jelentése ugyanakkor a beruházás valamennyi, az említett szakértői jelentés által alacsony kockázatúnak ítélt szerződéseinek (38 darab) is teljes körű kivizsgálását és szabálytalansági eljárás alá vonását, illetve a szükséges korrekciók megállapítását írta elő. A KEHI jelentésének megfelelően a KÖZOP IH a korábbi szakértői jelentésben megvizsgált, és az alapján fennmaradó 38 darab szerződés tekintetében is szabálytalansági eljárást indított 2010. június 30-án. Ez a vizsgálat jelenleg is folyik. 

Az Európai Bizottság időközben megérkezett levele szerint az EB,  a KEHI jelentésére hivatkozva, két ok miatt felfüggeszti a KÖZOP közbülső kifizetéseit. Az EB szerint egyrészt a projekt valamennyi, a 2009-ben elkészült szakértői jelentésben szereplő, és alacsony kockázatúnak ítélt, de szabálytalansági vizsgálattal még nem érintett szerződéseinek (összesen 38 darab) szabálytalansági vizsgálatát végre kell hajtani, másrészt az EB úgy ítélte meg, hogy a közbeszerzésekkel kapcsolatos ellenőrzési rendszereket meg kell erősíteni. 

Az 53 szerződés kizárólag a 4-es metró első szakasza projektet érintő, és a szakértői jelentés által valamilyen mértékben kockázatosnak talált szerződés, amelyek közül 15  szerződés esetében már 2009-ben szabálytalansági vizsgálat zajlott. Az NFÜ jelenleg a fennmaradó 38 szerződést vizsgálja. A KÖZOP IH már 2010. június 30-án szabálytalansági vizsgálat lefolytatását kezdeményezte a projekt említett szerződéseivel kapcsolatban, a vizsgálat jelenleg folyamatban van. 

Az NFÜ jogszabály-módosítást is kezdeményezett a közbeszerzési ellenőrzések hatékonyságának megerősítése érdekében. Az NFÜ továbbá SZMSZ módosítását szorgalmazta, amely szerint a közbeszerzések ellenőrzésének és a módszertanának fejlesztésére önálló főosztályt alakít ki, az Európai Unió elvárásainak megfelelően. 

A közlemény szerint fontos, hogy a Közlekedés Operatív Programban jelenleg megnyugtató mennyiségű forrás áll rendelkezésre a megkötött szerződések teljesítésére mindaddig, míg a közbülső kifizetések rendszerét a kormány visszaállítja. A tárgyalások elhúzódása esetén a felfüggesztett kifizetések által érintett kötelezettségvállalások költségvetési forrásból előfinanszírozhatóak, azonban erre a kormány gyors intézkedése miatt remélhetőleg nem lesz szükség - olvasható az NFÜ közleményében.