Afridit 2012 májusában ítélték el, egy évvel azután, hogy az amerikaiak megölték bin Ladent, egy bírósági dokumentum szerint nem a CIA-nak nyújtott segítségért, hanem a szélsőséges iszlamistákkal való kapcsolattartásért. Sokan mégis úgy gondolták, hogy Pakisztán bosszúból büntette meg az orvost, amiért az al-Kaida vezérének nyomára vezette az amerikaiakat.

Ügyében annak ellenére született súlyos ítélet, hogy az Egyesült Államok az orvos szabadon engedésén fáradozott.

Az új eljárást arra hivatkozva rendelték el, hogy az ügyben korábban eljáró hivatalnok átlépte hatáskörét, mivel nem volt felhatalmazása arra, hogy ilyen súlyos büntetést szabjon ki.

Afridit egy úgynevezett helyettes politikai megbízott ítélte el. Ezek a hivatalnokok Pakisztán azon törzsi területein képviselik az államigazgatást, amelyekre nem terjed ki az ország központi igazságszolgáltatási rendszere.

Afridi 2011-ben hamis oltási kampányt szervezett Abbotábádban, hogy DNS-elemzéshez szükséges mintákat gyűjtsön, és Oszama bin Laden nyomára akadjon. A DNS-es azonosítás nem járt sikerrel, viszont az orvos segítségével sikerült fényt deríteni a terroristavezér küldöncének hollétére, és őt követve jutottak el bin Ladenhez.

Washington igazságtalannak nevezte a tavalyi ítéletet, amely a két ország kapcsolatában is gondokat okozott. Afridi végig ártatlannak vallotta magát.