A legnagyobb probléma egy új fájlrendszernél természetesen a kompatibilitás. Az exFAT-tal formázott pendrive-okat jelenleg csak Vista SP1, Windows Server 2008, Windows 7 és Windows Embedded CE 6.0 rendszeren tudjuk kezelni. A szervizcsomag nélküli Vista értetlenül fog állni az exFAT lemezek előtt, míg a Windows XP SP2 és SP3 rendszerek egy javítás segítségével rávehetők az exFAT támogatására. A javítás innen tölthető le.

Pendrive formázása exFAT fájlrendszerre

Nézzük ezek után, milyen előnyei vannak az exFAT fájlrendszernek.
- A fájlméret korlátozás 16 exabájtos lett. (Elméleti korlát, ki tudja ezt leellenőrizni?!)
- Eltörölték a formázás- és mappatartalom-limitálást.
- A HPFS mintájára, az exFAT is free space bitmap táblát használ a szabad területek villámgyors lefoglalásához, így gyorsítva a fájlműveleteket.
- A HTFS mintájára támogatja az Access Control Listet (ACL)-t, melynek segítségével különböző fájlrendszer-jogosultságok használhatók. (Az SP1 még nem támogatja.)

A hátrányok közé tartozik a nehézkes kompatibilitás, illetve az, hogy a ReadyBoost technológiát nem használhatjuk az exFAT lemezekkel (egyelőre). Remélhetőleg a hiányosságokat a Windows Vista SP2, illetve a többi rendszerek szervizcsomagjai javítani fogják.