Az egyetlen szlovákiai magyar egyetem főiskolává minősítését az akkreditációs bizottság jelentése alapján kezdeményezte a Dusan Caplovic vezette szlovák oktatásügyi minisztérium. A leminősítési tervek ellen több szlovákiai magyar civil és politikai szervezet is szót emelt, maga az intézmény pedig türelmi időt kért a szaktárcától, arra hivatkozva, hogy az akkreditációs feltételek teljesítésére nem állt rendelkezésére kellő idő.

Tóth János, az egyetem rektora a Szabad Újságnak adott interjúban azzal érvelt, hogy az akkreditációs folyamat az SJE számára igazságtalan körülmények mellett zajlott le, mivel annak során a 2004 és 2008 közötti egész időszakot vették figyelembe, holott az intézmény csak 2004 őszén kezdte meg első akadémiai évét, természetesen akkor még csak alapképzéssel. Rámutatott, hogy az értékelés tárgyát képező hat egyetemi kritériumból három a doktori képzés minőségéről és működéséről szólt, holott Komáromban ekkor még csak alapszintű képzés folyt. "Az egyetemen a második és harmadik szintű képzéseket is számon kérték, amelyek objektív okok miatt még nem is működhettek. Az állam nem adta meg intézményünknek a lehetőséget, hogy megerősödjön" - hangsúlyozta a rektor.

A szaktárca ennek ellenére nem mutat hajlandóságot a türelmi idő megadására, így a javaslatot még a nyár folyamán jóváhagyhatja a pozsonyi törvényhozás. Dusan Caplovic arra hivatkozik, hogy neki törvényi kötelessége az akkreditációs bizottság ajánlását előterjeszteni. Tóth János szerint viszont ez az érvelés nem helytálló, hiszen a törvény nem határozza meg az előterjesztés idejét, és azzal 2009-től - az ajánlás elkészülte óta - mostanáig nem is foglalkoztak.

A rektor szerint tovább keresik a megoldást az egyetem státusának megmentésére. Azt sem tartja kizártnak, hogy aláírásgyűjtő akcióba fognak. Hozzátette: amennyiben nem kapják meg a szaktárcától kért türelmi időt, követelni fogják, hogy az intézményt vonják ki az akkreditációs folyamatból, amíg el nem éri fennállásának 14. évét.