Hatalomra jutása után két hónappal az orosz erők megkezdték a második csecsen háborút, és 2000 nyarára ellenőrzésük alá vonták az évekig gyakorlatilag független észak-kaukázusi köztársaságot. Putyin, akire mentorai minden bizonnyal a parancsvégrehajtó szerepet osztották, hamar a saját lábára állt.

Hasonlóképpen segítette a tavaly augusztusi kaukázusi háború Putyin új posztjának stabilizálását. A 2000-ben orosz elnökké választott Putyin két mandátum után 2008 májusában átadta az államfői bársonyszéket Dmitrij Medvegyevnek, és visszavette a miniszterelnöki posztot. Pár hónapra rá kitört az orosz–grúz háború, amelynek kommentálásában Putyin tevékeny részt vállalt. Azt állította például, hogy az amerikai republikánusok robbantották ki az összecsapást, mert növelni akarták elnökjelöltjük, John McCain szenátor győzelmi esélyeit. Majd közölte, ha az amerikaiak valóban javítani akarnák Moszkva és Washington viszonyát, nem rendeznének hadgyakorlatot Grúziában. A nehéz feladatokat viszont az államfőként a hadsereg főparancsnokaként is tevékenykedő Medvegyevre osztotta, a nyugati politikusok például rajta kénytelenek számon kérni, hogy Moszkva – a tűzszüneti megállapodást megsértve – még mindig nem vonta vissza erőit a tavaly augusztus előtt elfoglalt állásokba.