A kormány által elfogadott koncepció szerint a privatizációt megelőzően értékesítik a Bábolna Zrt. két gazdaságát, a Szendrői Gazdaságot és a Kerteskői Gazdaságot. Ennek a tranzakciónak a keretében a Bábolna Zrt. értékesíti a két gazdaság eszközvagyonát, azaz az épületeket, a gépeket és berendezéseket, miközben megszűnik a Bábolna Zrt. megközelítően 5 ezer hektáros haszonbérlete a két gazdasághoz tartozó földekre.

Az eszközökre meghirdetett pályázattal egyidejűleg a Nemzeti Földalap (NFA) meghirdeti a két gazdasághoz tartozó termőföldeket, a törvényi előírások alapján. A Bábolna Zrt.-t 20 évre meghosszabbított földhaszonbérleti joggal értékesítenék. A Pénzügyminisztérium számításai szerint a Bábolna, valamint a két gazdaság értékesítése 7 milliárd forint bevételt hozhat.

A privatizáció előtt rendezik a Bábolna Ménesbirtok Kft. önálló földhaszonbérletét, mivel a cég jelenleg "szívességi" használója a Bábolna Zrt. egyes földterületeinek. A rendezés azt jelenti, hogy megközelítőleg 500 hektár földterület kikerül a Bábolna Zrt. haszonbérletéből, és arra a Ménesbirtokkal szerződik az NFA. 

A maradék csaknem 12 ezer hektár földterület sorsa a Bábolna Zrt. sorsától függ: privatizáció esetén marad a Bábolna Zrt. haszonbérletében úgy, mint eddig. Jogutód nélküli megszüntetésre irányuló eljárás (végelszámolás, felszámolás) esetén a földek automatikusan visszakerülnek a Nemzeti Földalaphoz. A privatizációra nyilvános pályázat keretében bárki pályázhat. A magánosítással a cégnek esélyt kíván adni a túlélésre a kormány.

A Kormányszóvivői Iroda tájékoztatása szerint a társaság reorganizációs folyamata alatt kiemelt szerepet kap a munkahelyek megőrzése, így 180 munkahely megmarad, a privatizáció sikere esetén új munkahelyek teremtésére is van esély.

A végét járta

A 90-es évekig a magyar mezőgazdaság meghatározó agrárcége a már korábban megkezdett alapvető átalakítások után lényegében a végnapjait éli az Állami Számvevőszék (ÁSz) legutóbbi jelentése szerint. A vagyonvesztés a 90-es évek végén kezdődött meg, és az agráripari cégcsoportnál csak 2000. és 2005 között 23,8 milliárd forint veszteség keletkezett. 

Az Állami Számvevőszék a tartósan veszteségesen működő állami tulajdonú gazdasági társaságokról legutóbb közzétett jelentésében  a 2000 és 2005 közötti években vizsgálta a mások mellett a Bábolna Rt.-t is. Ebben közölte, hogy a tulajdonosi követelés elengedése 17,9 milliárd forint, a Bábolna Élelmiszeripari Kft. 2004. évi négy hónapos működése 3,1 milliárd forint, a Bábolna Tetra Kft. eladása  pedig 2,8 milliárd forint veszteséget eredményezett. 

Az 1998-ban még 17,778 milliárd forint saját tőkéjével rendelkező Bábolna Rt. 2003-ra elveszítette a vagyonát, és 2003 végén a kötelezettségei meghaladták a 30 milliárd forintot. A Bábolna Rt. csak 2000. és 2004. között 6,5 milliárd forint támogatást kapott, 7,9 milliárd forint tulajdonosi kölcsönnel segítették és 13,3 milliárd forint összegben állami garanciával is támogatták  a fennmaradását.

Még 2000-ben és 2001-ben a Bábolna Rt. könyveiben 3176 forint/aranykorona értéken nyilvántartott 22363 hektár termőföldet a magyar állam három ütemben megvásárolta, és az adásvétel napjától 2012-ig az agrárcég haszonbérbe vette. 

A társaság kritikus állapota miatt 2004-ben kormányhatározat alapján a Bábolna Rt.-ből leválasztották az életképesnek tartott részeket. A veszteségek és adósságok a Bábolna Rt.-nél maradtak azzal, hogy a végelszámolás során ezek megtérülnek.  

A döntés szerint 2004. július 2-án 30 millió forint jegyzett tőkével megalapították a Bábolna Élelmiszeripari Kft.-t (Élip) a tevékenység folytatására. A jegyzett tőkét a 2004. augusztus 4-i közgyűlés határozata szerint, apporttal és 530 millió forint készpénz befizetésével 16,816 milliárd forintra emelték.

A Bábolna Rt.-nél  2004 első kilenc hónapjában, a végelszámolás megindításáig 9,095 milliárd forint üzemi szintű veszteség keletkezett, és addigra a kötelezettségek meghaladták a 39 milliárd forintot. Az Élip pedig  2004 szeptember-decemberben a tervezett 1,199 milliárd forint nyereség helyett 3,089 milliárd forint veszteséget könyvelt el. 

A Bábolna Rt.-nél maradtak a kötelezettségek azzal, hogy a társaság vagyona elegendő lesz a végelszámoláshoz. A tulajdonosok a végelszámolásról a 2004. augusztus 27-i közgyűlésen határoztak. A tevékenységet lezáró mérleg szerint a Bábolna vagyona 39,996 milliárd forint volt, és ezzel szemben 39,745 milliárd forint kötelezettség állt. A végelszámolás kezdetén a társaság saját tőkéje a végelszámolás költségeire megképzett céltartalék miatt mínusz 2,489 milliárd forint volt - áll az ÁSz-jelentésben.

A számvevőszéki jelentés a rossz döntések között említi a 963 millió forint vagyonnal rendelkező  Tetra Kft. eladását, ami a Bábolna Rt.-nek 262 millió forint bevétel mellett 2,819 milliárd veszteséget okozott.  

A végelszámolás sikerének érdekében 2005 decemberében kormányhatározat rendelkezett a Bábolna Rt. állammal szemben fennálló, összesen  17,88 milliárd forint tartozás elengedéséről.

Az ÁSz a Bábolna vagyonvesztésének okaként említette azt, hogy a Bábolna Rt. irányítása az ellenőrzött időszakban döntően kormányhatározatokkal történt. A kormánydöntéseken alapuló, 1998-ban, 2001-ben és 2004-ben elfogadott, egymástól független reorganizációs tervek, valamint a privatizációs koncepciók és stratégiák nem vagy csak részben valósultak meg.