A 83 éves egyházfő, aki pápásága eddigi öt évének legsúlyosabb egyházi válságával kényszerül szembenézni, kijelentette: az áldozatok részéről történő megbocsátás nem helyettesítheti az igazságtételt. Hozzáfűzte: az egyház mindig is szenvedett belső problémáktól, de most valóban rettenetes szenvedésen megy át, ez a legnagyobb üldöztetés, amely valaha érte. Az egyháznak vezekelnie kell bűnei miatt, és át kell mennie a megtisztuláson - hangsúlyozta. 

A szentatyát a repülőtéren Anibal Cavaco Silva portugál államfő üdvözölte. A pápa rövid beszédében kifejtette: az egyház történelmi küldetésénél fogva azokkal működik együtt, akik nem szűkítik a magánszféra területére az emberi élet értelmének alapvető tiszteletét. Nincs szó a laikus és a vallási rendszerek közötti etikai szembenállásról - szögezte le. A portugál elnök emlékeztetett arra, hogy országa lakosainak a túlnyomó többsége katolikus vallású. Az állam és az egyház szétválasztása magán viseli a keresztény örökséget, különösen az emberi értékek védelmében - tette hozzá.

A pápa portugáliai látogatásának egyik fő programpontja a fátimai szentély meglátogatása. Fátima azt követően lett a katolikus világ egyik legismertebb zarándokhelye, hogy 1917. május 13-án három helybeli pásztorgyermek előtt megjelent Szűz Mária. A gyerekek szerint ezt követően többször is látták még Jézus Krisztus szülőanyját. Szűz Mária első megjelenésének színhelyén bazilika épült, s minden évben hívek százezrei keresik fel Fátimát. II. János Pál pápa 2000-ben járt itt, s akkor a három gyermek közül kettőt boldoggá avatott.