A kambodzsai népirtással foglalkozó, ENSZ által támogatott nemzetközi bíróság öt volt khmer vezetőt vett őrizetbe, s készül felelősségre vonni. Közülük négy ellen már vádat is emeltek emberiesség ellen elkövetett bűnök miatt. Ők a következők: Kaing Guek Eav (más néven Duch), a Tuol Sieng kihallgató központ volt parancsnoka, Noun Chea, a vörös khmerek főideológusa, Ieng Sary volt külügyminiszter és felesége, Ieng Thirith egykori szociális miniszter.

Khieu Samphant egy phnompeni kórházból szállították a törvényszékre. A 76 éves aggastyánt szerdán vitték kórházba agyvérzéssel. Addig háborítatlanul élt az ország északnyugati részén fekvő Pailin tartományban, amely korábban a vörös khmerek egyik erősségének számított.

A Pol Pot közeli bizalmasának tartott Khieu Samphan tagadja, hogy tudomása lett volna a vörös khmerek 1975-79 közötti rémuralma idején elkövetett népirtásról. Becslések szerint 1,7 millió ember vesztette életét a Pol Pot-féle diktatúra alatt, kivégezték, halálra kínozták őket, vagy betegségekbe, éhezésbe haltak bele.

Khieu Samphan 1959-ben közgazdaságtanból és jogból doktorált Párizsban, a Sorbonne-on.
 
1962-ben csatlakozott Norodom Szihanuk államfő pártjához, amelynek színeiben képviselővé választották. Közgazdasági írásai és parlamenti felszólalásai felkeltették Szihanuk figyelmét, aki 1962-ben kereskedelmi miniszterré nevezte ki. A korrupció elleni fellépése, a megvesztegetések elutasítása népszerűtlenné tette a minisztériumban, ahol a tisztviselők zöme ebből élt, és a "moszkovita" gúnynevet aggatták rá. Szihanuk egy darabig kitartott mellette, fél év múlva azonban menesztette állásából.

A csalódott Khieu Samphan illegalitásba kényszerült; 1967-ben egy balul sikerült kormányellenes lázadás után a megtorlás elől Kínába menekült. Távollétében halálra ítélték. Pekingben szívesen fogadták, ő pedig a kulturális forradalom idején igazi maoista lett.
 
1976. március 20-a, a vörös khmerek hatalomra jutása után képviselővé, 1976 áprilisában az államtanács elnökévé, államfővé választották.

1976 és 1979 között tevékeny részese volt annak a kísérletnek, amellyel a gyakorlatba akarták átültetni a maói eszméket. Ennek keretében az értelmiséget szinte teljes egészében kiirtották, a városok lakóit mocsarakba és dzsungelekbe telepítették; betegség, éhezés, kínzások és kivégzések következtében a lakosság harminc százaléka, több mint kétmillió ember halt meg. Nem csoda, hogy a kambodzsaiak jelentős része még az 1978 decemberében bevonuló ősi ellenséget, a vietnamiakat is megkönnyebbüléssel fogadta.
 
A vörös khmerek a városokat feladva gerillaharcot kezdtek vidéken, a thaiföldi határ mellett, ahol viszonylag könnyen hozzájutottak a kínai segélyekhez. A szervezet arcot váltott, 1981-ben feloszlatta a rosszemlékű Kambodzsai Kommunista Pártot; új programot, a betolakodó vietnamiak kiűzését jelölték meg fő célul. Pol Pot, a régi rendszer leggyűlöltebb személye visszavonult a közszerepléstől, később, 1985 szeptemberében minden tisztéről lemondott; a vörös khmerek vezetését hivatalosan Khieu Samphan vette át.
 
A vörös khmerek vezetői a továbbiakban mindent megtettek, hogy a világ és az általuk elpusztított ország bizalmát megnyerjék, csökkentsék elszigeteltségüket: hivatalosan feladták a maoista ideológiát, liberális demokráciát, pluralizmust, piacgazdaságot hirdetnek. 
 
A vörös khmerek bojkottálták az 1993-ban ENSZ-felügyelettel megtartott választásokat, és felújították a gerillaharcot. Khieu Samphan továbbra is hallatta hangját a szervezet illegális rádióadásai révén. 1997. június 10-én Pol Pot, a vörös khmerek vezére meggyilkoltatta Son Sent, a vörös khmerek egykori védelmi miniszterét, majd túszul ejtette Khieu Samphant, és kétszáz hívével elmenekült északi támaszpontjáról. Khieu Samphan 1998. december 26-án a thaiföldi határ közelében, Pailin városánál megadta magát a kambodzsai kormányerőknek. A vörös khmerek mozgalma végül 1999-ben összeomlott.