A korrupcióval, sikkasztással és az emberi jogok megsértésével vádolt 69 éves expolitikust egy perui rendőrségi repülőgép vitte Santiagóból az északi szomszéd ország fővárosába, Limába.
   
Fujimori az 1990 és 2000 közötti időszakban kétszer is betöltötte az államfői tisztséget szülőhazájában, uralmának egy súlyos korrupciós botrány vetett véget. Egy ázsiai körúton volt, amikor faxüzenetben lemondott tisztségéről és  Japánba menekült, ahonnan szülei származtak.  A távol-keleti szigetországból 2005 novemberében váratlanul Chilébe érkezett, ahol nemzetközi elfogatóparancs alapján őrizetbe vették, majd házi őrizetbe helyezték.
   
A perui ügyészség 15 millió dollár elsikkasztásával és a terrorizmusellenes intézkedések ürügyén elkövetett túlkapásokkal - egyebek mellett két vérfürdő elrendelésével - vádolja. 1993-ban a limai La Cantuta egyetem kilenc diákjával és egy professzorával végzett egy halálosztag, két évvel korábban 15 embert mészároltak le a perui főváros egyik munkásnegyedében, Barrios Altosban. A kíméletlen intézkedések a Fényes Ösvény maoista lázadócsoport összezúzását szolgáltak. A perui lakosság körében sokan még mindig ámulattal adóznak a volt elnöknek a szervezet legfőbb vezetőinek elfogása és a felkelés leverése miatt.
   
Fujimori tagadja az ellene felhozott vádakat, amelyek mögött szerinte politikai indítékok húzódnak meg. Elítélése esetén akár 30 év börtönnel is sújthatják .