Önként lemondott a hivataláról.
2013. február 11-én nyilatkozatban tudatta a világgal XVI. Benedek római pápa, hogy „idős kora miatti fogyatkozó ereje” miatt lemond a hónap végével a pápai hivataláról. „2013. február 28-án, este 8 órakor Róma és Szent Péter püspöki széke megürül, és az arra jogosultaknak új főpapválasztó konklávét kell összehívniuk".
A lemondást a még aznap a Vatikán is megerősítette.
Mindössze három egyházfő volt a történelemben, aki önként mondott le: Benedeken kívül V. Celesztin és XII. Gergely.
XVI. Benedek lemondásának okairól különféle találgatások is megjelentek. Az olasz La Repubblica szerint a lemondásnak köze van ahhoz az incidenshez, amelyben Benedek komornyikját őrizetbe vették 2012 májusában a pápai iratok kiszivárogtatásának gyanújával. A lap információi szerint az egyházfő három bíborost kért fel, hogy tegyenek jelentést az ügyről, aki csak ezután, a bíborosok jelentésének kézhezvétele után döntött a lemondás mellett még ugyanazon év decemberében. A jelentés szerint az egyházon belül korrupció és homoszexualitás volt tetten érhető, amik egyúttal zsarolhatóvá is tették a Szentszék érintett tagjait. A jelentés ezeken kívül pénzmosással és egyéb kérdéses ügyekkel is foglalkozott, amelyek érzékenyen érintették a Vatikánt.
A Szentszék a találgatásokat közleményben ítélte el. A botrányok mellett állítólag az is közrejátszhatott a lemondásban, hogy Benedek állítólag nem igazán akart pápa lenni, és belefáradt a pápai hivatás betöltésébe.
A XVI. Benedek lemondása következtében összehívott konklávé második napján, 2013. március 13-án az ötödik választási fordulóban megválasztották az új pápát, Ferencet.