A kórház 2008. január elsejéig önállóan működött, feladata jobbára a III. kerület lakosságának fekvőbeteg-ellátása volt. Az előző önkormányzati ciklusban, 2007-ben kialakított új struktúrával csökkent az aktív ellátás kapacitása; megszüntették a sebészetet, a szülészet-nőgyógyászatot és a koraszülött-ellátást, bevezették ugyanakkor a rehabilitációt.

2008 januárjában a Szent Margit Kórház, a Szent János Kórház és a Budai Gyermekkórház egyesítésével az óbudai intézmény elvesztette önállóságát. A tervek szerint az ismét önállóvá váló kórházban megerősítik a szülészeti-nőgyógyászati, valamint a sebészeti ellátást. Szentes Tamás főpolgármester-helyettes szerint ezzel fenntartható, stabil gazdálkodású intézmény jöhet létre.

Horváth Csaba szocialista frakcióvezető szerint Tarlós István megkülönböztetett figyelmet fordít az óbudai intézményre, miközben a városvezetés más kórházait átadja az államnak. Az ugyancsak MSZP-s Havas Szófia szerint a kórház önállóvá válásához nem készült költséghatékonysági számítás, és az előterjesztés forrásokat sem rendelt a döntéshez.

Velkey György (Fidesz) a közgyűlés egészségügyi bizottságának elnöke szerint a Szent Margit Kórház önállóságával járó 2007-es struktúraváltás nem járt jó eredményekkel, így semmi nem szól az ellen, hogy visszaállítsák a korábbi helyzetet.

Somfai Ágnes LMP-s képviselő azt kérdezte a városvezetéstől, hogy miért van szükség az átalakításra azelőtt, hogy a főváros átadja azt az államnak. A szocialista Tüttő Kata ugyancsak ezzel kapcsolatban értelmetlennek nevezte a javaslatot.

Szentes Tamás egészségügyért felelős főpolgármester-helyettes a vitában közölte: a jelenleg tárgyalt előterjesztés mindössze arról szól, hogy a városvezetés vizsgálja a Szent Margit Kórház önállóvá válásának lehetőségét, ez az oka annak is, hogy az előterjesztés nem tartalmaz forrásokat.

Tarlós István az elhangzottakra reagálva elmondta: azért akarják visszaadni a Szent Margit Kórház önállóságát, mert elvették tőle.

A bizonytalanságban lévő fővárosi kórházakról cikket olvashatnak a friss HVG-ben is.