Az egyházakat a kiemelten közhasznú társaságokéhoz hasonló, de több pontban azokét meghaladó kedvezmények illetik meg Magyarországon. Ez is közrejátszhatott abban, hogy míg tíz éve alig több, mint ötven bejegyzett egyház működött, ma már 144 technikai számmal rendelkező vallási közösség részesülhet például az adójuk 1 százalékát felajánlók kegyeiből. Speciális egyházi kedvezmény, hogy nekik és intézményeiknek nem kell adózniuk az adományok, így például a perselypénzek után. Nem terheli jövedelemadó az egyházi szertartást végző papnak, papnőnek vagy akár "holdnővérnek" (HVG, 2007. szeptember 22.) kifizetett stóladíjat. Munkabérük adóköteles ugyan, de a jövedelmükre eső közterhek enyhébbek az általánosnál. A munkáltatónak nem kell például egészségügyi járulékot fizetnie utánuk (mértéke amúgy 3 százalék). A minimális tb-kötelezettség alapja esetükben csak a minimálbér (az idén 65 500 forint), vagyis nem a minimálbér kétszerese, mint másoknál, akiknek - ha ennél valóban kevesebbet keresnek - bizonyítaniuk kell, hogy indokoltan fizetnek csökkentett tb-t. Adómentességet élvező természetbeni juttatásnak számít az egyházi alkalmazottak szolgálati lakása. Egy gazdasági minisztériumi rendelkezés értelmében villamosenergia-használat szempontjából is a kedvezőbb, lakossági tarifa szerint számolják az egyházi intézmények áramfogyasztását. Az egyházi alapfeladatok ellátásához szükséges gépjárművek után nem kell cégautóadót fizetni, mint ahogy építményadó sem terheli az egyházi tulajdonú ingatlanokat. Az adóhatóság méltányosságból engedélyezheti a hitéleti tevékenységgel összefüggésben felmerülő indokolt kiadásokra jutó általános forgalmi adó (áfa) visszatérítését is (például ha ingyenkonyhának vesznek élelmiszert). Nem kell az egyházaknak illetéket fizetniük ingatlanok adásvétele után, a vallási közösségektől még a tulajdoni lapért sem kérnek pénzt. Vállalkozási tevékenység esetén (nem minősül ilyennek például az egyházi ingatlanok részleges hasznosítása, a tankönyv- és jegyzetkiadás) nincs kibújás az általános kötelezettségek alól, de ez esetben is több, az adminisztratív terheket enyhítő intézkedés vonatkozik rájuk. Emellett a vállalkozási bevétel eredményét csökkentő tételként számolhatják el a kulturális, szociális, oktatási, egészségügyi, tudományos, sport- és műemlékvédelmi tevékenységre fordított pénzeket.