Meglehetősen sok megrázkódtatás érte a paksi atomerőmű üzemidejének félidejében, 1997-ben létrehozott, a nukleáris hulladékok és az erőmű majdani elbontásakor keletkező sugárzó anyagok végső elhelyezését finanszírozó, elvileg a központi költségvetés teherviselő képességétől független, döntően a paksi befizetésekből - kilowattóránként jelenleg mintegy 1,80 forintból - feltöltődő Központi Nukleáris Alapot. 2000-ig az atomellenes körök nyomására az alapot felügyelő gazdasági miniszter lassította a geológiai kutatási programot, így a Radioaktív Hulladékokat Kezelő Kht. (RHK) a terveinél kevesebbet költhetett. 2001- 2002-ben viszont az alap feltöltése okozott gondot: az SZDSZ-es Wekler Ferenc és a fideszes Illés Zoltán összefogásának eredményeként a költségvetésről szóló törvényben módosították az atomtörvényt, 2, illetve 2,5 milliárd forinttal csökkentve az alap költségvetési "támogatását". Vagyis azt a pénzt, ami az értékállóság tartására jár a nem kamatozó kincstári számlán parkoló, kifizetéseit évszázados távlatban tervezni kénytelen alapnak.

A jövő évi költségvetésről szóló törvényjavaslatban megint a kiadásokkal van gond. Az ezekre tervezett 11,1 milliárd forintból ugyanis nem futja a kis és közepes aktivitású hulladékok befogadására tervezett bátaapáti tároló előirányzott munkálataira, amelyek idei, 6,1 milliárd forintra javasolt keretét már a felére kurtították. 2006-ban 7,6 milliárd forintot tart szükségesnek az RHK ahhoz, hogy az ez idáig 13,6 milliárd forintot felemésztett tároló 2008-tól fogadhassa az erőmű atomszemetét, de a jövő évre vonatkozó törvényjavaslat alapján csak 4,2 milliárd jut rá. Ha késik az átadás, akkor az atomerőműnek bővítenie kellene addigra betelő átmeneti tárolóját, ami kidobott pénz, hiszen a sugárzó anyag semmiképp sem maradhat a végleges lerakásra geológiailag alkalmatlan paksi helyszínen.