A világszerte kedvelt, joviális II. János Pált követő XVI. Benedeket kevésbé népszerű pápaként ismerték meg. Sokat bírálták konzervatív személyisége miatt, emellett több komoly, az egész egyházat megrázó botránnyal is szembe kellett néznie pápasága idején.
Váratlan lépéssel, előzmények nélkül jelentette be lemondását XVI. Benedek pápa. Hasonló lépésre eddig csak egyetlenegyszer került sor, 1294-ben amikor a 85 éves, korábban remeteként élt V. Celesztin pápa mindössze néhány hónapos uralkodás után lemondott Szent Péter trónusáról.
XVI. Benedek bejelentésekor erejének és szellemének elégtelenségével indokolta lemondását. 2010-ben megjelent könyvében erre a lehetőségre már tett utalást. Akkor azt írta, hogy ha alkalmatlannak érzi magát, akkor lemond a pápaságról.
A XVI. Benedek néven 2005-ben megválasztott német Joseph Ratzinger bíborost pápasága során számos kritika érte. A világszerte népszerű II. János Pál után személyében egy konzervatív figura került a pápai trónra, akit „Isten rottweilerének” is gúnyoltak. Ráadásul megválasztásakor 76 éves volt, ami a pápák és bíborosok között is elég idősnek számít.
Pályafutását a katolikus egyház komoly botrányai kísérték, erősen megtépázhatták a tekintélyét és az egészségi állapotát is. Benedeknek emellett a személyét érintő sorozatos kritikákkal is szembe kellett néznie. Szóvá tették neki hitlerjugendes múltját is, illetve a melegjogokkal, óvszerhasználattal, abortusszal és papi nőtlenséggel kapcsolatos szigorú álláspontját is.
Pedofilok
2009-ben az okozott világszerte felháborodást, hogy a Vatikán feloldozott a kiközösítés alól négy püspököt, akik az egyházi irányvonallal szembemenő szakadár-ókonzervatív Szent X. Piusz papi társasághoz tartoztak, egyikük, Richard Williamson pedig néhány nappal a feloldozás előtt holokauszttagadó nyilatkozatot tett.
XVI. Benedek pápaságát leginkább az egyházat érintő pedofilügyek terhelték meg. A különféle egyházi intézményekben, jellemzően a huszadik század második felének évtizedeiben elkövetett, gyerekekkel szembeni erőszakos és szexuális bűncselekmények sorozatban tárultak fel pápasága alatt.
A pápa 2008-ban és 2010 júniusában is bocsánatot kért a szexuális bűncselekményekért, és ígéretet tett arra, hogy mindent megtesz a további esetek megakadályozására. Benedeket és a Vatikánt ugyanakkor sok kritika érte a nyilvánosságra hozott szexuális bűncselekmények kezeléséért. A kritikusok kevésnek tartották a nyilvános bocsánatkéréseket, a pápát és az egyházat is azzal vádolták, hogy a bűnösök eltávolításánál és megbüntetésénél fontosabbnak tartották az egyház érdekeinek védelmét, és évtizedeken át elhallgatták az eseteket, illetve csak egyházi törvények alapján akarták megbüntetni a tetteseket.
Vatileaks
A pedofilügyek mellett a korrupciós vádak is megrázták a Benedek pápa vezette Vatikánt. Paolo Gabriele, a pápa komornyikja és bizalmas embere, illetve Claudio Sciarpelletti informatikus bizalmas dokumentumok tömegét szivárogtatták ki az olasz sajtónak 2012 elején. Ezek a dokumentumok a Vatikánban tapasztalható korrupcióról szóltak.
A Vatileaks-ügyként elhíresült kiszivárogtatást kirobbantó Paolo Gabriele azt vallotta, hogy lépésével jót akart a Vatikánnak, amit ellepett a korrupció. A Vatikán bírósága mindkettejüket elítélte lopásért, majd a pápa megkegyelmezett nekik 2012 decemberében.
A kiszivárogtatott információk a Vatikán vezetői közötti viszályokra is fényt derítettek. Az egyik nyilvánosságra hozott levelet Carlo Maria Vigano érsek, a Vatikáni Kormányzóság korábbi főtitkára írta a pápának 2011 végén. A levélben az érsek bírálta a pápai állam legmagasabb köreiben tapasztalható korrupciót, azt állítva a Vatikán egyes pénzügyi és gazdasági vezetőiről, hogy „a saját érdekeiket előbbre valónak tekintették, mint a Vatikánéit”. A főpap szóvá tette azt is, hogy a Vatikán pénzügyi vezetői a költséges műszaki munkákkal rendre ugyanazokat a cégeket bízták meg, holott azok kétszer olyan magas áron szolgáltattak a Szentszéknek, mint más megrendelőknek.
A Vatikán pénzügyeivel az olasz jegybanknak is meggyűlt a baja. 2013 januárjában blokkolták az elektronikus tranzakciókat a Vatikán területén, mivel a pápai állam nem tett teljesen eleget az Európai Unió pénzmosás elleni irányelveinek. A Vatikán szóvivője szerint csak "technikai problémáról” volt szó.