A rendszerváltozáskor létrejött 1956-os Intézetet, amely kiadványaival, köztük az évkönyvekkel rengeteget tett a forradalom és általában a legújabb kori magyar történelem feltárásáért, kezdettől érték olyan bírálatok jobboldali körökből, hogy liberális, és nem eléggé „nemzeti” szempontból vizsgálódik. Költségvetését már az első Orbán-kormány jelentősen csökkentette 1998-ban, majd 2010 után felszámolta az intézetet működtető közalapítványt.

Az intézetet ekkor az Országos Széchényi Könyvtárhoz csatolták, amelyben némileg rendszeridegen volt, de csökkentett létszámmal és pénzből, egy konfliktustól eltekintve viszonylag zavartalanul tudott dolgozni. XXIII. évkönyve nemrég jelent meg. Az új besorolás azt jelenti, hogy az 1956-os Intézet maradékát az Orbán-kormány által létrehozott, erősen eltérő szemléletű intézménynek rendelik alá, és az eddigi vezető, Rainer M. János professzor, akit nemrég választottak a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagjává, a Veritas Intézetet igazgató, vitatott szakmai tevékenységű és időnként politikai viharokat kiváltó Szakály Sándor történész beosztottjává válik.