Köztük azok is, amelyekre a kormány az MTA átalakítása kapcsán lépten-nyomon hivatkozik.
Nyílt levelet írt a Német Tudományos Szervezetek Szövetsége Orbán Viktornak az MTA megcsonkításának ügyében. A több tudományos társaságot, köztük a kormány által modellként hivatkozott Max Planck Társaságot is tömörítő szövetség élesen elítéli a kormány lépését. "Miniszterelnök úr, a kormánya nyílt befolyást igyekszik gyakorolni az új kutatási hálózat tudományos iránya felett."
A levél emlékeztet, nem ez az első ilyen lépése a kormánynak. A korábbi OTKA-t, a kutatási pályázatokat finanszírozó szervezetet is egy kormányzati befolyású szervezettel helyettesítette pár évvel ezelőtt. A CEU-nak pedig Bécsbe kell költöznie a CEU-törvény miatt. A tudományos társaságok, szervezetek több mint 30 nyílt levelet írtak tiltakozásul, februárban pedig kilenc német kutatási szervezet vette fel a kapcsolatot Palkovics László miniszterrel, hogy kifejezzék az MTA támogatását. A miniszter szerint a magyar átalakítás a német nem-egyetemi kutatási szervezeteket vette mintául, például ahogy egykor a keletnémet akadémiákat alakította át a német állam. De ez a párhuzam helytelen, írják a német kutatási szervezetek. Először is azért, mert a kutatási szervezetek integrálása a Leibniz Szövetségbe a független német tudományos kutatási tanács által történt nagyon pontosan lefektetett tudományos értékelési szempontok alapján. Másodszor pedig az új rendszer azonnal független és megbízható finanszírozási forrásokat biztosított az intézményeknek.
"Továbbra is aggódunk amiatt, hogy az átalakítás csak a közérdekűnek mondott kutatásokat akarja finanszírozni", áll a levélben, amely közérdeket a kormány határozza meg. A gendertudomány például nem tartozik ebbe a csoportba, és ki van zárva a finanszírozás területéről mint ideológia.
A másik gond az új tudományos szervezet finanszírozási modelljével van. Míg Németországban a pályázati pénzeket a tartományi és szövetségi kormányzatokkal gondosan és alaposan megtárgyalják a tudományos közösségek egy gondos eljárás keretében, Magyarországon a kutatásfinanszírozás politikai kontroll alatt lesz. Nincs nyoma a tudományos autonómiának, ami például a Max Planck Társaság vagy a Leibniz Szövetség esetében alapvető. Így a Max Planck Társaságra való hivatkozás a kormány részéről tényszerűen pontatlan.
Míg a Miniszterelnök úr által is sokszor hivatkozott német tudományos szervezetek mindig kapnak bizonyos szintű támogatást alapkutatásokra, aminek felhasználásáról maguk döntenek, addig az új magyar rendszerben szinte csak projektalapú támogatás lesz elérhető. A finanszírozás bizonytalansága ezért elkerülhetetlenül fenyegetést jelent a hosszú távú kutatásokra, és meggyengíti a kutatói pályát. Magyarország az egyik legsikeresebb ország volt az EU-13-ak között az EU-s kutatási alapok (ERC) pályázatain, az MTA-s részvételnek és tapasztalatnak köszönhetően is. A tervezett átalakítás ezen a téren is hanyatlást, minőségromlást hozhat.
A tudományos szabadságot mindig is a törvényeken, a finanszírozási háttéren keresztül lehet biztosítani. Ez azt is jelenti, hogy a kormány biztosítja a hozzáférést az emberi, gazdasági és szervezeti forrásokhoz. Ezeket az elveket megőrizni egy plurális kutatási rendszerben, és egy jól meghatározott, a politika és a kutatás világát szétválasztó rendszert működtetni garancia a közjó és a kutatás integritására, zárul a tíz intézmény vezetője által aláírt nyílt levél.