A törvénymódosítási javaslat érinti a vasúti pályaműködtetés szervezeti és finanszírozási feltételeit is. Megengedi, hogy a vasúti pályahálózatot közvetett állami tulajdonban lévő gazdasági társaság is működtethesse e jog átruházhatóságának tilalma mellett. A Nemzeti Fejlesztési Minisztérium közlése szerint ezzel a majdani közlekedési holding kereteiben működő elkülönült pályavasúti társaság megalapításának törvényes feltételei teremtődnek meg. 

Az állam nevében a miniszter - az államháztartásért felelős miniszter egyetértésével - közszolgáltatási szerződésben kötelezettséget vállal az országos törzshálózati pálya és tartozékai, a regionális vasúti pálya és tartozékai, valamint a nyílt hozzáférésű egyéb vasúti pálya működtetését végző vasúti társaságnak a pályahálózat működtetésével kapcsolatban felmerült, és a hálózat-hozzáférési díjból, valamint a vasúti társaság egyéb üzleti tevékenységéből nem fedezett, indokoltnak elismert költségei megtérítésére. 

A törvényjavaslat szerint a  közszolgáltatási szerződés feltételeit úgy kell meghatározni, hogy a vasúti pályahálózat működtetőjét a működtetés költségeinek és a hálózat-hozzáférési díjak csökkentésére ösztönözze, a vasúti közlekedés biztonságának és a szolgáltatások minőségének sérelem nélkül.

A módosító javaslat szerint a Nemzeti Infrastruktúra Fejlesztő Zrt., mint fejlesztési közreműködő a vasúti pályahálózaton központi költségvetési és európai uniós támogatásból létesítési, felújítási és fejlesztési feladatokat lát el a magyar állam nevében. A NIF Zrt. a felhasznált forrásokkal és a létrehozott eszközökkel elszámol. Ennek során a létrehozott eszközöket közvetlenül átadja a állami tulajdonon megvalósuló fejlesztés esetén az MNV Zrt.-nek, a nem állami tulajdonon megvalósuló fejlesztés esetén a tulajdonosnak. A létrejövő állami vagyont az MNV Zrt. a miniszter egyetértésével megjelölt szervezet részére vagyonkezelésbe adja és azzal vagyonkezelési szerződést köt.

A módosítással a kisvasutak, sífelvonók és az iparvágányok működtetése a továbbiakban működési engedély és vasútbiztonsági tanúsítvány nélkül is lehetséges. A közlekedésbiztonsági megfelelőséget a szakhatóság továbbra is ellenőrzi. Magyarországon 14 erdei kisvasút, 10-12 sífelvonó és megközelítőleg 8 ezer iparvágány üzemel.