Komoly bel- és külpolitikai válságot okozhat, hogy augusztus végén Lembergből a fővárosba, Kijevbe helyezte át központját az ukrán görög katolikus egyház, amely ugyan elfogadja a római pápa egyházvezető szerepét, ám megtartotta a bizánci liturgiai és teológiai hagyományokat. A költözés ellen elsősorban az orosz ortodox egyház - a legnagyobb ukrajnai ortodox egyházi közösség - tiltakozott: az egyházfő, II. Alekszij pátriárka éles hangú közleményben ítélte el a lépést, míg több száz ortodox hívő megkísérelte megakadályozni annak az istentiszteletnek a megkezdését, melyen a görög katolikusok Kijevben megünnepelték az átköltözést.

A Moszkva által az orosz ortodox egyház bölcsőjének tekintett Kijevbe költözés - Nagy Vlagyimir herceg itt vette fel a kereszténységet 988-ban - Alekszij szerint arra utal, hogy a római katolikusok tovább akarják folytatni az ukrajnai "lélekvadászatot", azaz azt akarják, hogy az ortodoxok tömegesen térjenek át a görög katolikus hitre. Alekszij szerint az új helyzetben még kevesebb esély van az ortodox és a katolikus egyházi vezetők közti személyes találkozásra, sőt a jövőben még bonyolultabbá válik a két egyház közti most sem felhőtlen viszony.

Bár Viktor Juscsenko ukrán elnök igyekezett távol tartani magát az egyházi vitától, és az egyébként az ő bázisának számító Nyugat-Ukrajnában koncentrálódó görög katolikusok belső ügyének minősítette, hová helyezik át központjukat, az ukrajnai ellenzék és a helyi ortodoxok vezetői azzal vádolták az államfőt, hogy semlegesnek látszó politikájával hozzájárul azon erők megerősödéséhez, amelyek gyengíteni akarják az Oroszországot és a többmilliós orosz kisebbségnek otthont adó Ukrajnát összekötő szálakat. A székhely áthelyezését többek között az áprilisban elhunyt II. János Pál pápa is szorgalmazta, a júniusban Moszkvában járt Waltes Kasper bíboros elmondta, a pápa halálos ágyán is szólt a költözés fontosságáról.