Második nekifutásra a parlament - a kormánypárti többség - elfogadta az új felsőoktatási törvényt. A két és fél éves előkészítés után megszületett jogszabályt Mádl Ferenc köztársasági elnök beadványa nyomán az Alkotmánybíróság (AB) megsemmisítette - 2006-tól megszünteti a felsőoktatás hagyományos duális rendszerét, amelyben élesen elvált egymástól a főiskolai és az egyetemi képzés. Helyét - az európai oktatási miniszterek 1999 nyarán Bolognában elfogadott közös nyilatkozatának megfelelően - a többszintű, egymásra épülő rendszer veszi át (hároméves alapképzés, kétéves mesterképzés, hároméves doktori iskola). A reformhoz kapcsolódóan az Oktatási Minisztérium az intézmények irányítását is átalakította. A legtöbb bírálatot azért kapta - s első körben ezért is mondott a törvényre nemet az AB -, mert olyan irányítási rendszert akart az egyetemekre kényszeríteni, ahol az intézményektől független menedzserek kezébe kerültek volna a legfontosabb döntések. Az új törvény értelmében az egyetemeknek csak gazdasági tanácsot kell létrehozniuk, melynek feladata a gazdasági stratégiai döntések előkészítése, a tagjai között pedig az intézmény delegáltjai többségben lesznek az oktatási és a pénzügyi tárca képviselőivel szemben.