A géntechnológia révén olyan fajták is létrehozhatók, amelyek természetes kiválasztódással, mesterséges nemesítéssel vagy keresztezéssel sohasem alakultak volna ki, hiszen immár lehetséges akár egy baktérium tulajdonságait is beültetni egy haszonnövénybe. A genetikailag módosított (gm) fajták nagyüzemi méretekben egyelőre csak takarmányok, illetve ipari nyersanyagként használatos növények képében vannak jelen. Leginkább szójáról, kukoricáról, gyapotról, olajrepcéről, kisebb mértékben cukorrépáról és burgonyáról van szó. Közvetlen emberi fogyasztásra szánt zöldségek, gyümölcsök még nem kerültek ki a laboratóriumokból.

Napjainkban a génkezelés leggyakoribb célja (az említett fajták majdnem háromnegyedénél), hogy a haszonnövényeket ellenállóvá tegyék valamelyik olyan növényvédő szerrel szemben, amely egyébként minden gyomot elpusztít, és így ezzel az egyetlen kemikáliával egyszerűbben lehessen megvédeni a termést. Szintén elterjedt a Bt rövidítéssel emlegetett "felturbózási" módszer, amellyel az egyébként a földben lakó Bacillus thuringiensis egy génjét ültetik be a növényekbe, azok pedig ily módon mérget termelnek a kártevő - és mellesleg a környezetükben élő többi - rovar ellen. Míg Európa legtöbb államában fenntartásokkal fogadják a gm-kreatúrákat, egyes tengerentúli országokban - például az Egyesült Államokban, Kanadában, Argentínában, Brazíliában, Kínában és Dél-Afrikában - 2003-ban legalább 66,7 millió hektáron termesztették a már említett növényeket.

Egyelőre nem egyértelmű, milyen hatással jár, ha a gm-növények módosított génjei, illetve az általuk termelt fehérjék bekerülnek az emberi gyomorba. A Magyar Élelmiszer-biztonsági Hivatal semleges álláspontot foglal el, a tudósok pedig két táborra szakadtak. A helyzetet bonyolítja, hogy mind a génmódosításban érdekelt nagy cégek, mind az ellenoldal lobbija befolyásolhatja a kutatólaboratóriumokat. A gödöllői kutatóintézetet irányító Balázs Ervin akadémikus szerint az érdekcsoportok az eredményeket saját szájuk íze szerint interpretálják. Ő maga a gm-szója ártalmasságáról szóló kijelentéseket például teljes félrevezetésnek tartja, hiszen ilyen már tíz éve létezik, és nem ártott meg az embereknek. Ha pedig a gm-takarmány káros lenne, az állat sem bírná ki, vagyis egyfajta élettani szűrő védi az ilyen hús fogyasztóit. A gm-termékeket érő bírálatokat Balázs professzor annak tulajdonítja, hogy "a megkérdőjelezhető hatékonyságú mezőgazdasági technológiák alkalmazói így keresnek fogást az új versenytársakon".

"Genetikai erózió" néven további kockázatnak tartják a környezetvédők, hogy az amúgy is monokultúrás szántóföldi növénytermesztés még egyhangúbbá válna. Márpedig - mint Nemes Noémi, a Greenpeace magyarországi kampányának szervezője a HVG-nek kifejtette - "a génszennyezés miatt, átporzással a hagyományos és biogazdálkodással foglalkozó gazdálkodók földjeire is kerülhetnek génmódosított pollenek. Így ez mindenképpen veszélyezteti a hagyományos fajtákat, és ki is szoríthatja azokat."