Az erőszakot az sem csillapította, hogy a Paul Bremer amerikai helytartó vezette Koalíciós Átmeneti Hatóság (CPA) június 28-án formálisan átadta az ország irányítását az új, átmeneti iraki kormánynak, amelynek élére a száműzetésből hazatért - korábban az amerikai és a brit titkosszolgálatokkal is kapcsolatban álló - világi síita politikus, Ijad Allavi került. A hatalomátadást és a CPA megszűnését az ENSZ-BT júniusban határozatban hagyta jóvá, előírva, hogy a rendezés menetrendjének első állomásaként legkésőbb 2005. január végéig választásokat kell tartani.

Az erőszak ezután egyre inkább az újonnan kiképzett iraki biztonsági erők ellen fordult, amelyek tagjai közül az ellenállók több ezret öltek meg. A támadások jelentős részét a jordániai származású Abu Muszab al-Zarkavi által vezetett, magát az al-Káida terrorhálózathoz tartozónak valló csoport vállalta magára. Feltehetően ez a szervezet a felelős az elsősorban külföldi vállalkozók és munkavállalók elleni, áprilisban kezdődött túszejtő akciók nagy részéért is, amelyek során több tucat foglyot kivégeztek, néhányat - az interneten bemutatott videofelvételek tanúsága szerint - barbár módon lefejeztek. Az amerikai hadsereg és az iraki kormányerők novemberben visszafoglalták a lázadás központjának és al-Zarkavi székhelyének tartott Faludzsát, amelyet szinte rommá lőttek. Ezzel egyidejűleg fellángolt a gerillaharc a fővárostól délre lévő szunnita településeken, valamint az északi Moszulban is.

A déli síita Nedzsefben, illetve Bagdad síita nyomornegyedeiben a Moktada al-Szadr radikális hitszónok vezette Mehdi Hadserege kétszer is - áprilisban, majd augusztusban - fellázadt, és a harcoknak mindkét alkalommal bizonytalan tűzszünet vetett véget. Vérontás folyt az ország etnikai és vallási csoportjai között is: februárban a kurdisztáni Erbilben legalább százan haltak meg két öngyilkos merényletben, márciusban pedig egy síita ünnepen a déli Kerbalában és Bagdadban elkövetett, összehangolt robbantásokban 180-an vesztették életüket. A belső feszültségek további éleződéseként az erőszakra hivatkozva novemberben 17 szunnita arab, kurd és világi párt a január 30-ára kitűzött választás fél évvel történő elhalasztását kérte, míg 42 síita és turkomán szervezet ragaszkodott az eredeti időponthoz.

Az amerikai hadsereg nimbuszát tovább rombolta a bagdadi Abu Ghraib börtönbeli fogolykínzási botrány, amiről először áprilisban az amerikai CBS televízió adott hírt. A bemutatott képek és tanúvallomások szerint amerikai katonák és a börtönben működő alvállalkozók civil alkalmazottai kínozták, megalázták és szexuálisan molesztálták a foglyokat. A mintegy harminc állam alkotta nemzetközi koalícióból több ország - például Spanyolország - a mandátum lejárta előtt távozott, vagy - mint például Magyarország - nem hoszszabbította meg küldetését. Az amerikai kongresszus vizsgálóbizottsága megállapította, alaptalan volt a kormányzatnak a háború megindítását indokló érve, miszerint Irak tömegpusztító fegyverrel rendelkezik, és cáfolták azt a washingtoni állítást is, hogy Huszein rendszere kapcsolatban állt az Oszama bin Laden vezette al-Káida terrorhálózattal.

Az erőszak miatt szinte teljesen leállt az újjáépítés, az Irak számára Washington által jóváhagyott 18,4 milliárd dollárnak csak a töredékét használták fel. A lakosság 60 százaléka továbbra is az élelmiszersegélyektől függ, a munkanélküliség 50 százalékra rúgott, az egy főre jutó GDP a 2002-esnek a felére, 620 dollárra zuhant. A legfőbb bevételi forrásként szolgáló kőolajtermelés - napi 2,6 millió hordóval - elérte a háború előtti szintet, de az exportot folyamatosan megakasztották az olajvezetékek és -berendezések elleni szabotázsakciók. A Párizsi Klubba tömörült országok novemberben elengedték a velük szemben fennálló 38,9 milliárd dolláros iraki adósság 80 százalékát.