Az orvosai szerdán lázat észleltek nála, amit – amint megállapították – a tüdejét megtámadó fertőzés okozott. A szóvivője szerint "félig intenzív" kezelést alkalmaznak az elnök meggyógyítása érdekében. A láza 38 fokos volt szerdán. A fertőzés bakteriális eredetű.

2018 szeptemberében az akkor még elnökjelölt Bolsonaro az ország délkeleti részén található Juiz de Fora városban egy kampányrendezvényen vett részt. Ott egy férfi késsel támadt rá, minek következtében súlyos hasi sérüléseket szenvedett, sürgősségi beavatkozást kellett rajta végrehajtani. A sérülések miatt a sebészek egy mesterségesen létrehozott bélkivezetést alakítottak ki. Az ahhoz használt zacskót (sztómát) január 28-án távolították el a hasfaláról. Azóta kórházban van.

A január végi műtét miatt akkor 48 órára Hamilton Mourao alelnök vette át az államfői feladatokat.