Miután meggyilkolták a diákokat, holttestüket elégették egy szeméttelep mellett, és egy folyóba dobták. 

Jesus Murillo Karam elmondta, hogy megtalálták a holttestek egyes maradványait, de nagyon nehéz lesz azonosítani az áldozatokat. Amíg ez meg nem történik, addig továbbra is eltűntként tartják nyilván a diákokat.

A nyomozás eddigi eredményei szerint a diákokat, akik az Iguala városban lévő Ayotzinapa tanárképző főiskola hallgatói voltak, a város polgármestere, José Luis Abarca hurcoltatta el helyi rendőrökkel, akik átadták őket a Guerreros Unidos nevű bűnbanda fegyvereseinek.

A bűnözők végeztek közülük 15-tel, majd a szomszédos Cocula város melletti szeméttelepre vitték a holttesteket és a még élő diákokat. Ott megölték az életben maradtakat is, majd minden holttestet ruhástul elégettek, de a nyomok eltüntetése érdekében elégették azon bandatagok ruháit is, akik a holttestekkel érintkezésbe kerültek.

A halomba rakott holttestek éjféltől másnap délutánig égtek úgy, hogy közben éghető folyadékokkal és tárgyakkal táplálták a tüzet. Ezután a csontokat beleszórták a San Juan-folyóba.

Ezek előzménye, hogy a főiskola diákjai adományokat gyűjtöttek Igualában, és hatalmukba kerítették a városi tömegközlekedés több autóbuszát. A helyi rendőrök a polgármester utasítására két helyszínen tüzet nyitottak a diákokra, és megöltek közülük hatot.

A többi diák folytatta a rendbontást, mire a polgármester őrizetbe vetette és elhurcoltatta őket, mert attól tartott, hogy megzavarják a felesége egyik nyilvános beszédét. A tervek szerint az asszony váltotta volna őt jövőre Iguala élén.

A fiatalok eltűnése heves indulatokat váltott ki Mexikóban, és a kormányzatot, valamint a rendőrséget bíráló, gyakran erőszakba torkolló tüntetéssorozathoz vezetett. Kirobbanása óta az incidens a legnagyobb belpolitikai problémává nőtte ki magát az államfő és a mexikói vezetés számára.

A nyomozás során az ügyben eddig 74 embert vettek őrizetbe, köztük rendőröket, a Guerreros Unidos tagjait, és négy nappal ezelőtt a polgármestert és a feleségét is, akik Mexikóvárosban próbáltak meg elrejtőzni. Az igazságügy-miniszter pénteki sajtóértekezletén bemutatott több videofelvételt, amelyen a gyanúsítottak vallomást tesznek. 

A diákok szülei a sajtóértekezlet után kijelentették, hogy amíg a DNS-vizsgálatok alapján be nem bizonyosodik, hogy valóban gyerekeik maradványait találták meg, addig nem hiszik azt el, mert bizalmatlanok a hatóságokkal szemben.