A szombati tárgyaláson a vádlottak nem voltak hajlandóak válaszolni a bíró kérdéseire, egyiküket pedig egy időre a székhez kellett szíjazni. A kilenc órán át húzódó meghallgatások után Mark Martins tábornok, az ügyész terrortevékenységre való összeesküvéssel, civilek elleni támadásokkal, szándékos emberöléssel és és sérülések okozásával, háborús bűnökkel, repülőgépek megsemmisítésével vádolta meg a terrortámadás kitervelőit.  Az eltérített utasszállító gépekkel elkövetett merényletek csaknem 3000 emberéletet követeltek.

Az ügyész jelezte, hogy a vád kész akár augusztus elején is megkezdeni a pert, de a védelem még több hónapos felkészülési igényét jelentette be, s így a per várhatóan jövő májusra tolódik ki. A szombati guantánamói tárgyaláson Hálid Sejk Mohammed, aki saját állítása szerint is kitervelte a bűncselekményeket, négy bűntársával együtt több mint három éve először jelent meg a nyilvánosság előtt. A 47 éves pakisztáni, az al-Kaida iszlamista terrorista hálózat egykori műveleti vezetője nem volt hajlandó válaszolni a bíró kérdéseire. Az ugyancsak pakisztáni Ramzi bin al-Sib, aki állítólag a fő összekötő volt a légi kalózok és al-Kaida-vezetők között, előbb felállt, majd letérdelt és imádkozni kezdett - a férfit tagbaszakadt őrök figyelték, de nem avatkoztak közbe. A jemeni Valíd bin Atta vádlottat - aki a nyomozók szerint kiválasztott és kiképzett néhányat a gépeltérítők közül - székéhez szíjazva vitték be a tárgyalóterembe, mivel erre önként nem volt hajlandó, de később eloldották a köteléket, miután megígérte a bírónak, hogy jól viselkedik.

Fennakadást okozott az is, hogy a vádlottak nem vették fel a fejhallgatót, amelyen a teremben elhangzó mondatok arab tolmácsolását követhették volna. A bíró ekkor rövid időre felfüggesztette a tárgyalást, amelyet később úgy folytattak, hogy a teremben mindenki hallja a tolmácsot. A vádlottak utoljára 2008 decemberében jelentek meg a bíróság előtt, amikor Mohammed megpróbált vallomást tenni és bűnösnek vallani magát.