A vádemelést azért kellett megismételni, mert amikor az Obama-kormány úgy döntött, hogy bezáratja a guantánamói haditengerészeti bázison fenntartott börtönöket, és egy New York-i szövetségi polgári bíróság elé viszi az ügyeket, egyúttal ejtette a feltételezett terroristák elleni vádakat is. Mohamed és tettestársai ellen összeesküvés és tömeggyilkosság a vád. Az eltérített utasszállító gépekkel elkövetett merényletek csaknem 3000 emberéletet követeltek.

Barack Obama elnök a kongresszusnak a vádlottak amerikai területre való átszállítását megakadályozó, költségvetési határozata nyomán döntött úgy áprilisban, hogy a guantánamói bázison folytattatja le az eljárást. Mohamed, a 2003-ban Pakisztánban elfogott al-Kaida-vezető mellett a katonai ügyészség Ali Abdul Aziz Ali, Valid bin Attas, Ramzi Binalsibh és Musztafa Ahmed al-Havszavi ellen emelt vádat.