A Kolozs megyei tanfelügyelőség főként finanszírozási nehézségekre hivatkozva utasította el a kolozsvári iskola és a Báthory Szülői Szövetség kérését, hogy az osztályokat tovább működtessék. A Báthory az egyetlen olyan romániai magyar tanintézmény, ahol speciális integrált tanítás folyik magyar nyelven. A felajánlott megoldás szerint a szóban forgó gyerekeket vagy normál osztályba, vagy súlyosan fogyatékos gyerekeket foglalkoztató osztályba kellene beíratni.

A szakemberek egyöntetű véleménye szerint egyik sem lenne jó, a mostani a legeredményesebb oktatási módszer, mivel egyszerre valósítja meg a személyre szabott speciális nevelést és integrációt. A speciális oktatási vonal lelkes szakemberek kezdeményezésére jött létre a Báthory Gimnáziumban, 1996-ban. Kezdetben egyetlen elemi osztállyal indult az oktatás, majd a 2007-2008-as tanév befejeztével már a harmadik nyolcadik osztály került ki az iskolából.

A hagyományostól eltérően az oktatás differenciált formában történik, ami annyit jelent, hogy a legtöbb esetben a tanterv egyénre, illetve kiscsoportokra van szabva, de minden esetben a nemzeti kerettanterv követelményeit követi, osztály- és képességszintet szem előtt tartva.