Az App Store áruházban megvásárolható előfizetések eladása az App Store megszokott számlázási rendszerén keresztül történik. E rendszer segítségével eddig már több milliárd alkalmazást és alkalmazáson belüli tartalmat értékesítettek. Az előfizetések lehetséges árát és időtartamát (heti, havi, kéthavi, negyedéves, féléves vagy éves) a kiadók határozzák meg. Ezután a felhasználók egy kattintással kiválaszthatják az előfizetés kívánt időtartamát, és a rendszer automatikusan számláz a kiválasztott előfizetési időszaknak (heti, havi stb.) megfelelően. Az ügyfelek saját fiókjukból valamennyi előfizetésüket megtekinthetik és kezelhetik, többek között az előfizetések automatikus megújítását is törölhetik. Valamennyi befizetést az Apple dolgoz fel, és a többi alkalmazáson belüli értékesítéssel azonos, 30 százalékos részesedésre jogosult a befolyó összegekből.

„Filozófiánk egyszerű: ha az Apple új előfizetőt hoz egy alkalmazásba, azzal 30 százalékos részesedést kap; ha a kiadó hozza már meglévő vagy új előfizetőit, a teljes bevétel a kiadót illeti, az Apple ez esetben nem profitál” – fejtette ki Steve Jobs, az Apple vezérigazgatója. „Mindössze az a feltételünk, hogy ha a kiadók az alkalmazáson kívül is tesznek előfizetési ajánlatot, az alkalmazáson belül tett ajánlat azzal megegyező (vagy kedvezőbb) legyen, hogy a felhasználók egy kattintással, közvetlenül az alkalmazásból is egyszerűen feliratkozhassanak. Hiszünk abban, hogy ez az innovatív előfizetési szolgáltatás merőben új lehetőséget nyújt a kiadóknak, amellyel szélesebb körben tehetik elérhetővé digitális tartalmaikat az iPad, iPod touch és iPhone készülékeken, meglévő és új előfizetőik legnagyobb örömére.”

Azon kiadók, amelyek az Apple előfizetési szolgáltatását használják alkalmazásaikban, más, alkalmazáson kívüli módszerekkel is bővíthetik digitális előfizetőik körét. Így például értékesíthetnek digitális előfizetést webhelyeiken, illetve díjmentes hozzáférést biztosíthatnak meglévő előfizetőiknek. Mivel az Apple nem részese ezeknek a tranzakcióknak, a bevétel sem oszlik meg, illetve a kiadók nem osztanak meg előfizetői adatokat a vállalattal. A kiadóknak az alkalmazáson belül saját hitelesítési folyamatukat kell biztosítaniuk az alkalmazáson kívül feliratkozott felhasználók számára. Azonban ha a kiadó úgy dönt, hogy különálló digitális előfizetést értékesít az alkalmazáson kívül, az Apple feltétele, hogy ugyanez az előfizetési ajánlat azonos vagy alacsonyabb áron az alkalmazáson belül is elérhető legyen azon felhasználók számára, akik az alkalmazáson belül szeretnének feliratkozni. Ezenfelül a kiadók az alkalmazásban nem bocsáthatnak rendelkezésre olyan – például webhelyekre mutató – hivatkozásokat, amelyek révén a felhasználók az alkalmazáson kívül vásárolhatnak tartalmat vagy előfizetéseket.

Az App Store valamennyi tranzakciójának fontos eleme az ügyfelek adatainak védelme. Az App Store kínálatából előfizetést vásárló felhasználók megadhatják a nevüket, e-mail címüket és irányítószámukat a kiadónak. Ezen adatok felhasználását nem az Apple adatvédelmi irányelvei, hanem a kiadó adatvédelmi irányelvei szabályozzák. A kiadók további adatokat is kérhetnek az App Store ügyfeleitől, feltéve, hogy a felhasználók egyértelmű döntési lehetőséget kapnak, hogy közlik-e a kért információt, és tájékoztatják őket arról, hogy az így megadott adatok kezelését nem az Apple, hanem a kiadó adatvédelmi irányelvei szabályozzák.