A parlament 295 igen szavazattal 43 ellenében és 14 tartózkodás mellett döntött a módosításáról. Az indítványt a kereszténydemokrata Semjén Zsolt és Szászfalvi László nyújtotta be. Az előterjesztők azzal indokolták a változtatásokat, hogy jelenleg a közoktatási törvény diszkriminálja az egyházi intézményeket, és ezt a helyzetet meg kell szüntetni. Álláspontjuk szerint a most hatályos szabályok teljesíthetetlen anyagi terheket rónak azokra az önkormányzatokra, amelyek az egyházaknak adnák át a közoktatás feladatát, ezért törölték a közoktatási törvény azon passzusát, amely "értelmetlenné" teszi az önkormányzat által nyújtott támogatást.

A javaslat indoklásában az szerepel, hogy a január elsejétől élő szabályozás alkalmatlan a 2008-as egyházi közoktatás finanszírozását vizsgáló ÁSZ-jelentésben foglaltak végrehajtására és értelmetlenné teszi az arra hajlandóságot mutató önkormányzatok számára az egyházi fenntartású intézmények támogatását, hiszen ezek a támogatási összegek az egyházi kiegészítő támogatásból levonhatók. Tekintettel arra, hogy a törvény hatálybalépését követően közoktatási megállapodás alapján az egyházi jogi személyt megillető kiegészítő támogatást a közoktatási megállapodás aláírását követő tanítási évtől kezdődően a központi költségvetés terhére kell kifizetni, méltányos, hogy ez a jog érvényesüljön a korábban átadott intézmények esetében is.

A módosítás kitér arra is, hogy a 2010. január elsejétől, az önkormányzatok által e célra fizetett, illetve ezt követően az önkormányzatoktól beszedett kiegészítő hozzájárulási összeg kérelemre visszafizethető legyen. A törvény a kihirdetését követő tizenötödik napon lép hatályba.