Az első európai középkori egyetemek Bolognában és Párizsban jöttek létre a 11-12. században, s elsősorban jogot, orvostudományt és teológiát oktattak. A magyar felsőoktatás egyidős a régió hasonló intézményeivel, előbb Nagy Lajos király alapított egyetemet Pécsett 1367-ben, majd 1395-ben Zsigmond Óbudán, de ezek néhány évtizedes fennállás után megszűntek. Harmadik egyetemalapítási kísérletünk Hunyadi Mátyás király nevéhez fűződik, de neki nem maradt ideje a tervek megvalósítására.

A török hódítás szétszakította az országot, a reformáció idején az addigi egységes keresztény hit is több ágra szakadt, és a felekezetek megpróbálták kiépíteni saját oktatási rendszerüket. A bénultságából feltámadó katolikus egyház a 17. században indította el az ellenreformációt, amelynek legfontosabb szerve az 1540-ben alapított jezsuita rend volt. A jezsuiták nem sokkal később már megjelentek Magyarországon, központjuk Nagyszombatban volt, ott, ahol akkoriban az esztergomi érsek székhelye is. (Esztergomot csak 1683-ban foglalták vissza végleg a töröktől.) A magyar katolikus egyház legmagasabb tisztségét 1616-tól töltötte be a szigorú jezsuita képzést maga is végigjárt Pázmány Péter, aki pozícióját felhasználva ismét egyetemet alapított Magyarországon.

Az 1635. november 13-án megindult, tudományos fokozatok adományozására is jogosult univerzitás kezdetben teológiai és bölcsészeti karból állott, ezt alig három évtizeddel később, 1667-ben jogi karral egészítették ki. A 18. században egyre inkább állami irányítás alá kerülő egyetemen 1769-ben alakult meg a negyedik, orvosi fakultás, ezzel teljessé vált a klasszikus egyetemi szerkezet. A jezsuita rend 1773-as feloszlatás után az intézményt 1777-ben Budára, majd 1784-ben Pestre helyezték. Sok ma önálló fővárosi egyetem a Tudományegyetemből fejlődött ki, itt kezdődött meg speciális tanfolyamok formájában a hazai mérnökképzés és az állatorvosképzés.

1848-ban az első egyetemi törvénycikk nemzeti intézményként a Vallás és Közoktatásügyi Minisztérium fennhatósága alá helyezte az egyetemet, amely a múlt század fordulóján már a világ 15 legnagyobb egyeteme közé került. 1921-től Királyi Pázmány Péter Tudományegyetem néven bölcsészeti, jogi, orvosi és hittudományi fakultással működött. 1949-ben önállósult a Bölcsészeti Karból kivált Természettudományi Kar, a következő évben elcsatolták a hittudományi fakultást, 1951-ben az Orvostudományi Kar vált önálló egyetemmé.

Az intézmény 1950-ben felvette Eötvös Loránd nevét, viszont elvesztette évszázados jogát a tudományos fokozatok adományozására (ezt 1993-ban nyerte vissza). 2000-től az ELTE szervezetébe integrálódott a Budapesti Tanítóképző és a budapesti gyógypedagógiai főiskola. Jelenleg nyolc karon folyik az oktatás, ezek: Állam- és Jogtudományi Kar, Bárczi Gusztáv Gyógypedagógiai Kar, Bölcsészettudományi Kar, Informatikai Kar, Pedagógiai és Pszichológiai Kar, Tanító- és Óvóképző Kar, Társadalomtudományi Kar, Természettudományi Kar.