Pásztor Emil 1926. április 18-án született Budapesten. A Pázmány Péter Tudományegyetem orvosi karán tanult, diplomáját 1950-ben vehette át az immár önálló intézménnyé vált Budapesti Orvostudományi Egyetemen.

Tudományos pályáját a Neurológiai Klinika idegsebészeti osztályán kezdte, később az Országos Idegsebészeti Tudományos Intézetbe került át, ahol haláláig dolgozott. Az intézet főigazgató-helyettesévé 1971-ben nevezték ki, 1975 és 1993 között az OITI főigazgatói feladatait látta el.

Pásztor Emil 1956-ban védte meg az orvostudomány kandidátusi, 1971-ben akadémiai doktori értekezését. A Magyar Tudományos Akadémia 1979-ben levelező, 1987-ben pedig rendes tagjává választotta a nemzetközi hírű idegsebészt.

Emellett Pásztor Emilt a párizsi székhelyű Académie Européenne des Sciences, des Arts et des Lettres (Európai Művészeti és Tudományos Akadémia), valamint az Orosz Orvostudományi Akadémia is felvette tagjai sorába. Több ország idegsebészeti társaságának volt tiszteleti tagja, emellett olyan tekintélyes szakmai folyóirat szerkesztőbizottságának munkájában vett részt, mint a Neurological Research, a Progress in Neurosurgical and Neurological Surgery and Neurosurgical Reviews vagy a Surgical Neurology.

Hosszú ideig az Idegsebészeti Szakmai Kollégium és a Magyar Idegsebészeti Társaság elnöke volt. Az Idegsebészeti Társaságok Nemzetközi Szövetségének alelnöki tisztségét 1985 és 1989 között töltötte be, 1987 és 1991 között az Európai Idegsebészeti Társaságok Szövetségének volt az elnöke, emellett 1988-1990 között az Eurázsiai Idegsebészeti Akadémiát vezette.

Példaértékű életpályáját 1996-ban Széchenyi-díjjal, 2011-ben pedig a Magyar Köztársaság Érdemrend középkeresztjével ismerték el.