Az influenzavírusok szinte minden gerinces fajt – a madarakon és a sertéseken kívül a lovakat, a rágcsálókat, a majmokat, sőt a tengeri emlősöket és a halakat is – képesek megbetegíteni. Közülük a fertőzésre a madarak és a sertések a legfogékonyabbak. Előbbieket bármelyik, míg utóbbiakat csak a H1-es és a H3-as vírustörzs fertőzi.

Az influenzavírusok alfajait a kutatók a vírus felszínén található két fehérje – a hemagglutinin (H) és a neuraminidáz (N) – alapján különböztetik meg. A H-nak 16, az N-nek 9 különféle térbeli szerkezete ismert. A H-fehérje segíti a vírust abban, hogy bejusson a megtámadott gazdasejtbe, míg az N a visszautat biztosítja. Az emberi sejtek receptorain egyébként csak a H1, a H2 és a H3 jelű vírus tud megkapaszkodni – így csak ezek betegíthetik meg. Ez alól a néhány éve a háziszárnyasokról az emberre is átterjedt H5N1-es, valamint a H7N7-es madárinfluenza-vírus kivétel, ám ezeknek eddig nem alakult ki emberről emberre terjedő változata. A vírustörzseknek egyébként három nagy (A, B, C betűkkel jelölt) családja van. A világjárványokért a mutációra leginkább képes A típusú kórokozó alfajai felelősek (a mostani mexikóit A/H1N1-gyel jelölik), míg a B-be és főként a C-be tartozók csak helyi járványokat produkálnak.

A 20. század folyamán az emberi immunrendszernek a H1N1-es variánssal volt a legtöbbször dolga. Ennek a törzsnek egy-egy változata okozta az 1918-as spanyolnáthát, majd négy évtizeden keresztül a kisebb szezonális járványokat is. 1957 és 1968 között ezt váltotta az elődjénél lényegesen kevesebb életet követelő H2N2-es (ázsiai), majd a H3N2-es (hongkongi) vírustörzs. 1977-ben újra felbukkant a H1N1-es (az előző évi Fort Dix-i vírusról máig úgy gondolják, hogy nem emberi kórokozó volt), ám azóta a hongkongival együtt csak helyi járványokat okoz. Az új H1N1-es azonban nem azonos a múlt század eleji törzzsel, mivel a folyton mutálódó kórokozók a belső, például a szaporodási ütemüket meghatározó fehérjéik legtöbbjét is rendszeresen cserélgetik. Ezért készítenek minden járványra új, az aktuális szezonban támadó vírusváltozat elleni oltóanyagot.

A most Mexikóból portyára indult H1N1-es esetében a szakemberek attól tartanak, hogy – amint azt a Mark Gibbs ausztrál zoológus vezette kutatócsoport a spanyolnátha kapcsán 2001-ben a Science című tudományos folyóiratban is megállapította – a világjárvány kitörése egybeesik a vírus genetikai állományának megújulásával. A normális esetben csak a madarakat, csak a sertéseket, vagy kizárólag az embereket megfertőző vírustörzsek genetikai állománya ugyanis ilyenkor keveredik (szakszóval: rekombinálódik), így a kórokozó új variánsa jön létre. Az ugródeszkát a tudomány jelenlegi állása szerint a sertések szervezete jelenti, mert azok az emberi és a madárvírusoktól is megbetegedhetnek. Jankovics István virológus szerint világjárvány akkor alakulhat ki, „ha az efféle élő inkubátorban találkozó vírusoknak sikerül megütni a lottóötöséhez hasonlóan csekély valószínűségű főnyereményt, emberek közt is terjedő változat születhet, amivel a humán szervezet védekezőrendszere nem tudja felvenni a harcot”.