Az Európai Unióba (EU) 2004. május 1-jén belépett Magyarország csatlakozási szerződésén Medgyessy Péter kézjegye szerepel, de a belépési tárgyalások oroszlánrésze még az Orbán-kormány idejére esett. A Medgyessy és Kovács László külügyminiszter által 2002 decemberében Koppenhágában lezárt tárgyalásokon az dőlt el, hogy a magyar agrárvállalkozások közösségi támogatása 2013-ig fokozatosan éri el a régi tagállamokéit, és 2004-2006 között Magyarország összesen mintegy 3 milliárd euró közösségi felzárkóztatási támogatásra jogosult. A 2003-ban aláírt csatlakozási szerződést megelőző népszavazáson a jogosultak 45,6 százaléka vett részt, az igenek aránya közel 84 százalékos volt. Medgyessy Balázs Péter EU-misszió-vezetőt jelölte az Európai Bizottság (EB) magyar tagjának, a Brüsszelben elismert szakember helyett augusztusban viszont már Kovácsot javasolta a 2004 őszén alakult új EB-be. Az európai parlamenti meghallgatásain gyengén teljesítő Kovács Brüsszelben maradásához később a kormányfői posztot átvevő Gyurcsány Ferenc is ragaszkodott. A 2004 júniusában - mindössze 38,5 százalékos részvétel mellett - tartott első hazai európai parlamenti (EP) választásokon az MSZP csupán a voksok 34,3 százalékát szerezte meg, amivel 9 képviselőt küldhetett az európai törvényhozásba, míg a Fidesz a szavazatok 47,4 százalékával 12-t (az SZDSZ-nek kettő, az MDF-nek pedig egy hely jutott az EP-ben). Magyarország ellen már induláskor eljárást indított az EB a megengedettet jóval meghaladó költségvetési hiány miatt, s az uniós intézmények folyamatosan kétségbe vonták az euróövezethez való csatlakozás kormányzati terveinek hitelességét. A Gyurcsány-kormány szembesült azokkal a bírálatokkal is, amelyek szerint lassúak az uniós felzárkóztatási támogatásokra aspiráló pályázatokat kezelő hivatalok. Utóbbiak 2006. március 7-éig összesen 10 ezer pályázóval kötöttek szerződést, 521 milliárd forintra. Az EU 2007-2013 közötti költségvetéséről szóló tagállamközi alku szerint Magyarország a következő hét évben 22,6 milliárd euróhoz juthat.