Kiemeltnek az az uniós projekt tekinthető, amelyről a kormány egyedileg, pályáztatás nélkül dönt, és amelyet az Új Magyarország fejlesztési terv regionális vagy ágazati operatív programjainak kétéves akciótervei tartalmaznak. Az országos jelentőségű projektek beruházási összköltsége legalább 5 milliárd, a regionális jelentőségűeké legalább 1 milliárd forint. Ezekre a regionális fejlesztési tanácsok, a miniszterek és a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség (NFÜ) tehet javaslatot. A projektgazda költségvetési szerv, százszázalékos állami tulajdonú szervezet, önkormányzat, önkormányzati társulás vagy intézmény, illetve egyház lehet; a kormány ettől a szabálytól indokolt esetben eltérhet.

A kiemelt projekteknek hozzá kell járulniuk az adott régió vagy ágazat társadalmi-gazdasági céljaihoz, egyértelmű, mérhető és elérhető célokat kell tartalmazniuk. A költséghatékony, megfelelően előkészített projektek listáját szakmai és civil szervezetek, érdekképviseletek sorsolással kiválasztott szakértői véleményezik, majd egy zsűri - amelynek tagja többek között az NFÜ elnöke, az irányító hatóságok vezetői, a szaktárcák képviselői, a régiók vezetői, valamint egy vagy több külső szakértő - kialakítja a végső javaslatot. Ezt követően a kétéves akciótervek elfogadásakor, illetve azok félévenkénti felülvizsgálatakor a kormány dönt; az első ilyen alkalom - várhatóan két fordulóban - a július 11-ei és 25-ei kormányülésen lesz.