A vatikáni államtitkár nyilatkozata szerint a bajor pápa rendkívüli módon sajnálja, hogy regensburgi beszédének egyes passzusai a muzulmán hívők érzékenységére sértően hangozhattak, és e beszédrészletek a katolikus egyházfő "szándékaival teljesen ellentétes módon lettek értelmezve". Bertone közleménye szerint a katolikus egyházfő egyúttal hangot adott a muszlimok hite iránti tiszteletének, és reményét fejezte ki, hogy megértik majd szavai "valódi értelmét".

"A pápának a kultúrák és vallások közötti párbeszédet támogató nézetei teljességgel egyértelműek" - hangsúlyozza a szombati nyilatkozat, amely akárcsak a vatikáni szóvivő csütörtöki állásfoglalása, a muzulmán világban egyre erőteljesebb felháborodást hivatott csitítani.

A beszéd, amelyet XVI. Benedek pápa bajorországi látogatásán mondott kedden az iszlámról és a szent háborúról (dzsihád), s amelyben a vallás és az erőszak viszonyát feszegette, tiltakozások hullámát váltotta ki az iszlám világban. Számos muzulmán vezető bocsánatkérést követelt a katolikus egyházfőtől.

A pápa a regensburgi egyetemen a hit és a józan ész viszonyáról elmélkedve, szavainak illusztrálására egy XIV-XV. századi bizánci császár, II. Mánuel (Palaiologosz-dinasztia, uralkodott 1391-1425 között) egyik könyvét idézte. Ebben a császár egy perzsa muzulmán tudóssal folytatott vitáját írja le, felidézve, hogy a szent háborúról és a vallásában meglévő erőszakról kérdezte őt. Az idézetben a császár úgy vélte: Mohamed próféta csak gonoszságot és embertelenséget terjesztett. A vitairat egyes fejezeteit kommentálva, XVI. Benedek ugyanakkor világos megkülönböztetést tett a kereszténység és az iszlám között a hit és a józan ész viszonyát tekintve.

A pápa a vallás és az erőszak viszonyát akarta elemezni beszédében, "hogy annak végkövetkeztetéseként világosan és határozottan elutasítsa az erőszak vallási motivációját, bármelyik oldal is tegye azt" - hangoztatja egyebek közt a vatikáni államtitkár szombati nyilatkozata, hozzátéve, hogy ami II. Mánuel császár értékítéletét illeti, azt a pápának semmiképpen nem állt és nem is áll szándékában magáévá tenni, s azt kizárólag példaként használta fel ahhoz, hogy tudományos szövegkörnyezetben bonthassa ki gondolatait, miután alaposan ismertette ezt a szöveget.