A törvény szerint a kormány rendeletben stratégiailag kiemelt jelentőségű gazdálkodó szervezetnek minősítheti azokat a gazdálkodó szervezeteket, amelyek adósságainak rendezéséhez, hitelezőikkel való megegyezéséhez, reorganizációjához nemzetgazdasági érdek vagy kiemelt közérdek fűződik. Továbbá, amelyeknél kiemelt gazdaságpolitikai érdek fűződik ahhoz, hogy a jogutód nélküli megszüntetés gyorsabb, átláthatóbb legyen és egységesített eljárás szerint történjék. 

A stratégiailag kiemelt jelentőségűvé nyilvánítással a felszámolás küszöbére kerülő vállalatok működőképessége az általános gazdasági szabályoktól eltérő, speciális jogszabályi keretek között tartható fenn. Az érintett társaságot a meginduló eljárásban fizetési moratórium illeti meg, beszállítói nem függeszthetik fel folyamatos ellátását. Bármilyen kötelezettségvállalás vagy kifizetés kizárólag a kijelölt vagyonfelügyelő, a Nemzeti Reorganizációs Nonprofit Kft. jóváhagyásával történhet meg.

A Magtárház Kikötő Kft. felszámolását 2012 júliusában rendelte el a Fejér Megyei Bíróság. A felszámolási eljárást csődeljárás előzte meg, mely eredménytelenül zárult.

A Magyar Nemzet 2012 novemberében arról számolt be, hogy a Kormányzati Ellenőrzési Hivatal (Kehi) feljelentést tett ismeretlen tettes ellen hűtlen kezelés és fedezetelvonás gyanújával az adonyi gabonatároló megépítéséhez nyújtott állami hitel miatt. A cég honlapja szerint 2006-ban építette fel az Adony Kikötő Gabonatárház és Logisztikai Központot. 

A lap a feljelentést idézve azt írta, hogy a Magyar Fejlesztési Bank (MFB) Zrt. 2005-ben és 2007-ben összesen 15,9 milliárd forint hitelt folyósított a Magtárház Kft.-nek az adonyi intervenciós gabonaraktár és logisztikai központ létrehozásához. A lap értesülése szerint a beruházás megvalósult, de a kft. nem tudta törleszteni a hitelt, ezért az MFB felszámolási eljárást kezdeményezett ellene. A cég vagyona mindössze 5,6 milliárd forint, míg az MFB-vel szembeni hiteltartozása 13,5 milliárd forintot tesz ki. 

A Kehi vizsgálata szerint a hitelnyújtáskor és azt követően is több szabálytalanság történt. Gráf József akkori agrárminiszter és Margittai Miklós, a Mezőgazdasági és Vidékfejlesztési Hivatal (MVH) akkori elnöke péládul szándéknyilatkozatot adott az épülő raktár bérléséről, amit az MFB-nél elfogadtak, pedig csak érvényes bérleti szerződés mellett nyújthatták volna a hitelt. A lap megjegyezte azt is, hogy a Magtárház Kft.nél dolgozik a volt MVH-vezető két lánya, egyikük a cég gazdasági vezetője.