Biztonsági okokból kimenekítették a Margitszigeti Kisállatkert lakóit a Fővárosi Állat- és Növénykert munkatársai. Az érintett másfél száz állatot, köztük dámszarvasokat, pónilovakat, ragadozó madarakat, gólyákat, réceféléket, díszbaromfikat és sok más állatot a Fővárosi Állat- és Növénykertbe szállították át. Az evakuálásra szerdán és csütörtökön került sor.
Az árvízveszély miatt kiürítették a Margitsziget Kisállatkertet is. A Fővárosi Állat- és Növénykert kezelésében lévő bemutatóhelyről az összes állatot, 26 állatfaj 155 egyedét, köztük 16 emlőst és 139 madarat szállítottak át a Városligetbe.
Az állatok kitelepítéséhez 15 állatkerti dolgozót mozgósítottak, a szállítást két darab, lószállító utánfutót vontató gépjárművel oldották meg, amelyek többször fordultak a Városliget és a Margitsziget között.
Az állatok elszállítása a katasztrófavédelem illetékeseivel folytatott egyeztetés után már szerdán délelőtt megkezdődött. Legelőször a nyolc dámszarvast költöztették ki, ezeket ugyanis altatásban lehetett csak befogni. Az állatorvosok fúvócső segítségével juttatták az állatokba a kábító lövedéket. A nyolc szarvas közül egyet végül az egyik vidéki állatkertbe vitték: ő az árvíztől függetlenül oda került volna.
A ragadozó madarakat, díszbaromfikat, réceféléket és gólyákat kézzel, illetve nyeles hálóval fogták be, és megfelelő ládákba és zsákokba csomagolva készítették fel őket a szállításra. A legtöbb állat evakuálása még szerdán befejeződött, csütörtökön már csak öt páva és két nyúl, valamint a létesítmény egyes felszereléseinek elszállításáról kellett gondoskodni.
