A katonai ügyészség 2012. január 1-jétől "a magyar ügyészség szerves részeként, attól nem elkülönülve" végzi tovább munkáját.

A katonai ügyészek jogállásukat megőrzik, de a jövőben nemcsak katonai, hanem más bűncselekmények felderítését, illetve vádképviseletét is végzik majd, központi irányításukat pedig a Központi Nyomozó Főügyészség látja el – mondta a legfőbb ügyész a 10. budapesti nemzetközi katonai büntetőjogi konferencián.

Jelenleg a katonai ügyészség szervezetében van öt regionális katonai ügyészség, a budapesti, a debreceni, a kaposvári, a győri és a szegedi, továbbá a Katonai Fellebbviteli Ügyészség és a Katonai Főügyészség.