A szabadságharc leverését kegyetlen megtorlás követte. A közkatonák ugyan amnesztiában részesültek, de ez nem büntetlenséget jelentett, sokukat a császári seregbe sorozták be. A magasabb rangú tisztek, tisztviselők és képviselők hadbíróság elé kerültek, a tárgyalások sorrendjét a "bűnösség" foka határozta meg.
   
Először Pesten gr. Batthyány Lajos volt miniszterelnök, Aradon pedig a honvédsereg önálló seregtestet vezénylő főtisztjeinek perére került sor. Batthyányt még 1849 januárjában letartóztatták, és végül az olmützi törvényszék ítélte - felsőbb utasításra - kötél általi halálra. Esetében a bíróság a Bécsben hozott szabályt is megsértette, hiszen a felelősségre vonás csak az Országgyűlés feloszlatása után elkövetett cselekményekre vonatkozott, Batthyány viszont ekkor már lemondott tisztségéről. Haynau október 5-én erősítette meg az ítéletet.
   
Aradon a 13 tábornokot és egy ezredest szeptember 26-án ítélték felségsértés és lázadás miatt halálra. Haynau ezt 30-án jóváhagyta, de Gáspár András, Ferenc József egykori lovaglómestere büntetését végül börtönre változtatták.
   
A kivégzéseket október 6-ra, a bécsi forradalom évfordulójára időzítették. Batthyány előző éjjel egy becsempészett tőrrel nyakon szúrta magát, ezért nem lehetett felakasztani. A helyi parancsnok saját hatáskörben "porra és golyóra" változtatta az ítéletet, ami miatt Haynau idegrohamot kapott. A gróf nem engedte, hogy bekössék a szemét, és maga vezényelt tüzet, utolsó szavai három nyelven hangzottak el: "Allez Jäger, éljen a haza!"
   
Aradon ugyancsak október 6-án végezték ki a 13 honvédtábornokot: Aulich Lajost, Damjanich Jánost, Dessewffy Arisztidot, Kiss Ernőt, Knézich Károlyt, Lahner Györgyöt, Lázár Vilmost, Leininger-Westerburg Károlyt, Nagysándor Józsefet, Poeltenberg Ernőt, Schweidel Józsefet, Török Ignácot és Vécsey Károlyt. (Lázár Vilmos csak ezredes volt, de a köztudat őt is tábornokként tartja számon.) Előbb a vár északi sáncában a golyó általi halálra "kegyelmezett" Kisst, Schweidelt, Dessewffyt és Lázárt lőtték agyon, majd a többi kilencet akasztották fel a vártól délre egy sebtében összetákolt bitófára. A holttesteket elrettentésül estig az akasztófán hagyták, de ezzel éppen az ellenkező hatást érték el, mert a kivégzés helye valóságos búcsújáró hellyé lett.
   
Az ellentmondó statisztikák szerint a megtorlás során mintegy 500 halálos ítélet született, s körülbelül 110-et hajtottak végre. A legismertebb emigránsokat in effigie - távollétükben - végezték ki, azaz nevüket egy akasztófára szögelték. Másfélezer embert ítéltek sokévi börtönre vagy változtatták erre a halálos ítéletet, a honvédsereg állományának 25-30 százalékát besorozták és hét évet kellett szolgálniuk távol a hazától. A bosszúhullám csak 1850 júliusától mérséklődött, amikor az európai felháborodás miatt a bécsi udvar nyugdíjazta a "hatáskörét túllépő" Haynaut.