A tervezettnél kevesebb szakaszon és három hónappal később, de a Gazdasági és Közlekedési Minisztérium a veszteséges üzemeltetésre hivatkozva ideiglenesen megszüntette a személyforgalmat 14 vasúti mellékvonalon. Az érintett, zömében hátrányos helyzetű kistelepülések vitatták, hogy ez lenne a gyógyír a MÁV-cégcsoport 100 milliárd forintos veszteségére. A szaktárca 2007 decemberétől újabb 38 szakaszon akarta megszüntetni a MÁV szolgáltatását. Ezt a települések csak úgy kerülhették volna el, ha vállalják, hogy térségi üzemeltetésbe veszik a szárnyvonalakat. Az érintett 150 önkormányzatból csak 34 adott ki szándéknyilatkozatot, így a vasutassztrájkok és a helyi tüntetések hatására a minisztérium meghátrált. Ám a december elején hivatalba lépett új közlekedési miniszter, Kákosy Csaba jelezte, januárban folytatják az egyeztetést az önkormányzatokkal az államnak 5,8 milliárd forint megtakarítással járó térségi üzemeltetésről. A vasúttársaság 2007-ben több mint 110 milliárd forint tőkejuttatást kapott, és az eredetileg 100 milliárd forintos állami költségtérítését 60 milliárddal megtoldották. A 2007-ben önállósult személyszállítási üzletág, a MÁV-Start Zrt. várhatóan így is veszteséges lesz 2008-ban. A MÁV 2006 januárjában önállósult áruszállítási üzletágának privatizációs tenderét novemberben az osztrák Rail Cargo Austria AG és a GYSEV Zrt. konzorciuma nyerte meg - 102,5 milliárd forintot fizet a MÁV Cargo Zrt.-ért.