Megbékélési egyezményt kötöttek Kairóban a szudáni kormány és az ország déli részében működő ellenzéki szervezeteket egyesítő Nemzeti Demokratikus Szövetség képviselői. A megegyezést az tette lehetővé, hogy 21 év után január 9-én lezárult a dél-szudáni polgárháború, Nairobiban békeszerződést írt alá Ali Oszman Taha alelnök és John Garang, a déli lázadók, a Szudáni Népi Felszabadítási Mozgalom (SPLM) vezére. A hatalommegosztásról is rendelkező szerződés alapján Garang júliusban Dél-Szudán elnöke, egyben államfőhelyettes lett, augusztus végén azonban helikopter-balesetben életét vesztette. Helyére korábbi helyettese, Salva Kiir Mayardit lépett, majd szeptemberben nemzeti egységkormány alakult Omar Ahmed Basir elnök Nemzeti Kongresszus Pártja és az SPLM részvételével. A nyugati Dárfúr tartományban 2003 februárja óta zajló viszályt viszont nem sikerült lezárni. A júniusban Abujában újrakezdett béketárgyalások - elsősorban a lázadók belső ellentétei miatt - nem jártak eredménnyel. Közben az ENSZ a hágai Nemzetközi Büntetőbíróság hatáskörébe utalta a dárfúri háborús bűnöket. A testület júniusban megkezdte a vizsgálatokat, a kartúmi kormány azonban ellenezte az eljárást, és saját bíróságot hozott létre, amely novemberben gyilkosság vádjával halálra is ítélt két volt kormánykatonát.