A nagy tűzvészig is sokszor fenyegette pusztulás a Notre-Dame-ot, Napóleon és Victor Hugo is kellett a megmaradásához

„Így bánnak a középkor csodálatos templomaival idestova kétszáz esztendeje. Pusztítják őket, ahol érik, belülről és kívülről egyaránt. A pap befesti, az építész levakarja, aztán jön a nép és lerombolja. (…) Meglehet, hamarosan eltűnik a föld színéről maga a templom is.” Ekként sopánkodott Victor Hugo 1831 márciusában, A párizsi Notre-Dame 1482 című, frissen megjelent regényének előszavában, miután néhány héttel korábban az amúgy is rossz állapotú katedrálist feldühödött tömeg dúlta fel és fosztogatta.

A köztársaságpárti sokaságot az egyik Bourbon herceg emlékére egy másik templomban tartott szertartás bőszítette fel annyira, hogy nekiesett a gótikus székesegyháznak is, és miközben a támadók gúnyolták a vallást és az egyházat, szobrokat döntöttek le, díszítéseket tettek tönkre, miseruhákat szaggattak szét, templomi kincseket raboltak el. A hatóságok nem mertek (vagy nem akartak) közbelépni. Történészek szerint ilyen zabolátlan pusztítás a forradalom évei alatt sem történt a Notre-Dame-ban, pedig azt az időszakot a katedrális történetének legsötétebb korszakaként tartják számon.

A székesegyházat 1789 novemberében államosították, ám az épületnek akkor még nagyobb baja nem esett, igaz, idővel csak az államnak hűségesküt tett „alkotmányos papok” végezhettek szertartásokat. A viszonylagos védettséget a terror második hulláma idején veszítette el.

Az egyre erősebb vallás- és keresztényellenesség a csúcspontját 1793. november 10-én érte el, amikor a Notre-Dame-ot átkeresztelték az Ész Templomává, és ott tartották a „Szabadság ünnepe” szertartást. A katedrális belső terében eltakarták a gótikus falakat, Voltaire, Rousseau és Benjamin Franklin mellszobrait helyezték ki, és egy stilizált hegyen az opera egyik csinos táncosnője trónolt az „ész istennőjeként”, vörös frígiai sapkában, kék palástban, lándzsával a kezében, és fogadta az összegyűlt tömeg hódolatát.

A szertartást a vallásellenes mozgalom vezéralakja, Pierre-Gaspard Chaumette szervezte, és másnapi beszédében örömmel nyugtázta, hogy „a fanatizmus átadta helyét az észnek, (…) Franciaország népe a gótikus boltozatok alatt ünnepelte igazi kultuszát: a szabadság és az értelem kultuszát”.

A párizsi közigazgatásban vezető pozíciót betöltő Chaumette javaslatára november végén az összes fővárosi templomot bezárták, a forradalmárok pedig nekiálltak a Notre-Dame-on (is) megsemmisíteni a „zsarnokság és a babona” jelképeit. A pusztításnak szentek szobrai, festmények, ereklyetartók, berendezési tárgyak és harangok mellett áldozatul estek a homlokzaton álló királyok is.

A 28 szobrot tévesen francia uralkodók ábrázolásának hitték (valójában inkább az ótestamentumi Júda és Izrael királyai lehettek), és módszeresen lefejezték őket, a koronás fők pedig évekig a katedrális bejárata körül hevertek, majd egy építési vállalkozó vásárolta meg a maradványokat. A királyfejek többsége csodával határos módon mégis megmenekült: 1977-ben került elő 21 darab egy párizsi bankszékház felújítása során (az eredeti, sérült fejek ma a Cluny Múzeumban láthatók).